员工迟到扣除工资是否合法，需根据具体情况综合判断，结论如下：
合法扣除工资的情形
- 规章制度明确且合法制定：用人单位需通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定规章制度，明确迟到扣工资的标准，并向员工公示或告知。例如，规章制度中规定“每月迟到累计超过3次，每次扣除当日工资的10%”，且该标准未超出合理范围。
- 劳动合同有约定：若劳动合同中明确约定了迟到扣工资的标准，且不违反法律法规强制性规定（如扣款后工资不低于最低工资标准），则按约定执行合法。
- 扣除金额合理：扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工月工资5000元，扣除金额不得超过1000元，且扣除后至少需保留当地最低工资（如2200元）。
- 无合理免责事由：员工迟到需为无故行为，若因不可抗力（如自然灾害、突发疾病）或公司安排事务导致迟到，用人单位不得扣工资。
不合法扣除工资的情形
- 无规章制度依据：用人单位未制定相关规章制度，或规章制度中未明确迟到扣工资的规定，随意扣款违法。
- 规章制度制定程序不合法：规章制度未经民主程序制定，或未向员工公示，依据此类制度扣款违法。
- 扣除金额过高或违反最低工资标准：扣除部分超过当月工资的20%，或扣除后工资低于最低工资标准，均属违法。例如，员工月工资3000元，扣除1500元后仅剩1500元，低于当地最低工资2200元，则违法。
- 存在合理免责事由：员工因不可抗力或公司安排事务迟到，用人单位仍扣款违法。
法律背景与依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四条，用人单位应依法建立和完善规章制度，保障劳动者权益。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条规定，用人单位若规章制度违法或未及时足额支付劳动报酬，劳动者可投诉或申请劳动仲裁。
- 《工资支付暂行规定》第十六条明确，因劳动者原因造成经济损失的，每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于最低工资标准。
劳动者权益保护建议：
- 与用人单位协商：若认为扣款不合法，首先与用人单位沟通，要求说明扣款依据并纠正错误。
- 向劳动监察部门投诉：协商无果时，向当地劳动监察部门投诉，由其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：必要时，向劳动仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，维护合法权益。
示例说明：
- 合法案例：某公司规章制度规定“每月迟到累计超过3次，每次扣除当日工资的5%”，并向员工公示。员工月工资6000元，某月迟到4次，公司扣除其2次工资（共600元），扣除后工资5400元，高于当地最低工资2200元，合法。
- 违法案例：某公司未制定规章制度，随意扣除员工迟到工资。员工月工资4000元，某月迟到1次，公司扣除其500元，扣除后工资3500元，虽高于最低工资，但因无制度依据，违法。
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