结论：小区自建房自行管理是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及房屋产权的合法性、管理行为的合规性以及是否符合相关规划与建设要求。以下从不同角度详细分析：
房屋产权合法性角度
- 合法产权：若小区自建房已依法取得产权证书，如房产证或不动产权证，则房屋产权合法。在此情况下，业主或业主委员会自行管理房屋，通常不涉及违法问题，但需遵守相关物业管理法规，如《物业管理条例》等，确保管理行为合规。
- 非法产权：若自建房未取得合法产权证书，可能因违反城乡规划、建设许可等规定而被认定为违法建筑。在此情况下，自行管理不仅可能面临行政处罚，如拆除、罚款等，还可能因管理行为本身（如收取物业费、进行维修等）而涉及非法经营等法律问题。
管理行为合规性角度
- 合规管理：即使房屋产权合法，自行管理也需遵守相关物业管理法规。例如，业主委员会需依法成立，管理行为需符合业主大会或业主委员会的决议，且不得损害其他业主的合法权益。若管理行为合规，则自行管理不违法。
- 违规管理：若自行管理过程中存在违规行为，如擅自改变房屋结构、占用公共空间、违规收费等，则可能违反《物业管理条例》、《城乡规划法》等相关法律法规，面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
规划与建设要求角度
- 符合规划：自建房需符合当地城乡规划要求，包括建筑高度、面积、用途等。若自建房符合规划要求，且已取得合法建设许可，则自行管理通常不涉及违法问题。
- 违反规划：若自建房违反城乡规划要求，如未取得建设许可、超建、改建等，则可能被认定为违法建筑。在此情况下，自行管理不仅可能面临行政处罚，还可能因管理行为本身而涉及更多法律问题。
法律建议：
- 对于小区自建房的业主或业主委员会，若考虑自行管理，应首先确认房屋产权的合法性，确保已取得合法产权证书。
- 自行管理过程中，应严格遵守相关物业管理法规，确保管理行为合规，避免损害其他业主的合法权益。
- 若自建房存在规划或建设方面的问题，应及时与相关部门沟通，了解整改要求，并尽快完成整改，以避免法律风险。
可能法律后果：
- 若自建房被认定为违法建筑，可能面临拆除、罚款等行政处罚。
- 若自行管理过程中存在违规行为，可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。