关于已登记不动产的返还原物纠纷的执行申请时效，核心结论如下：

1. 已登记不动产返还原物请求权不适用诉讼时效
   根据《民法典》第196条第（二）项，不动产物权的权利人请求返还财产的请求权不适用诉讼时效。这意味着，若您是已登记不动产的合法权利人（如房屋所有权人），无论对方非法占有不动产的时间多长，您均有权随时要求返还，无需担心超过时效问题。
   法律依据：

   • 《民法典》第196条：下列请求权不适用诉讼时效的规定……（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产。
     

2. 执行申请时效与诉讼时效的区别
   若您已通过诉讼或仲裁获得返还原物的生效判决/裁决，但对方拒不履行，此时需关注执行申请时效。根据《民事诉讼法》第246条，申请执行的期间为2年，自判决/裁决规定的履行期间最后一日起计算；若规定分期履行，则从最后一期履行期限届满之日起计算。
   计算公式：

   • 执行申请时效 = 判决/裁决规定履行期届满日 + 2年
     示例：法院判决对方于2023年12月31日前返还房屋，则您需在2025年12月31日前申请强制执行。
     

3. 特殊情形下的时效中断与中止

   • 中断：若您在执行申请时效期间内，向对方提出履行要求（如催告函、律师函），或对方同意履行义务，时效可重新计算2年。
     
   • 中止：若因不可抗力（如自然灾害、战争）或其他客观障碍（如对方下落不明）导致无法申请执行，时效暂停计算，待障碍消除后继续计算。
     

4. 实务建议

   • 及时固定证据：保留不动产登记证书、对方非法占有的证据（如照片、视频、证人证言），以证明您的权利基础。
     
   • 关注履行期限：若判决/裁决未明确履行期限，建议与对方协商补充约定，或通过法院明确履行期，避免时效争议。
     
   • 优先协商解决：若对方愿意配合返还，可签订书面协议并留存履行证据，减少后续执行成本。
     

总结：已登记不动产的返还原物请求权本身不受诉讼时效限制，但若需通过强制执行实现权利，需在判决/裁决履行期届满后2年内申请执行。如有进一步疑问或需协助处理具体案件，可直接向我咨询。