当公司收到税务局对虚开发票进行调查取证的通知时，这是一个需要高度重视并立即采取行动的情况。以下是我为您详细梳理的应对步骤和建议：
一、立即配合税务调查
迅速响应：公司应迅速安排熟悉业务和财务的人员，积极配合税务机关的调查工作。这是展现公司诚意和合作态度的关键一步。
如实提供资料：您需要如实提供与虚开发票相关的所有资料，包括但不限于合同、发票、账簿、银行流水等。这些资料是税务机关调查取证的重要依据，任何隐瞒或销毁证据的行为都可能加重公司的法律责任。
清晰表述：在回应税务机关的询问时，您应提供准确、详细的信息，并对疑问或需要解释的问题进行清晰、诚实的表述。这有助于税务机关更全面地了解情况，从而做出更公正的判断。
二、内部自查与整改
全面自查：组织内部审计或财务部门对虚开发票的具体情况进行全面自查。明确虚开发票的时间范围、涉及金额、参与人员等信息，这是后续整改和应对的基础。
评估影响：评估虚开发票行为对公司财务和税务的影响，包括可能面临的税款补缴、滞纳金、罚款等。这有助于公司更准确地制定整改计划和预算。
制定整改计划：根据自查结果，制定详细的整改计划。包括纠正错误、完善内部控制流程、加强员工培训等，以防止类似问题再次发生。
三、主动纠错补税与争取从轻处罚
主动补税：如果经自查或税务机关认定公司存在虚开发票行为，应主动向税务机关承认错误，并按照要求及时补缴相应的税款和滞纳金。这是减轻法律后果的重要步骤。
争取从轻处罚：依据相关法律法规，对于主动消除或减轻违法行为危害后果的，可依法从轻或减轻行政处罚。您可以向税务机关提交书面材料，说明在发现问题后采取的积极措施，如主动自查自纠、加强内部管理等，以争取从轻处罚。
四、关注法律后果与应对
税务行政处罚：虚开发票将受到税务机关的处罚，包括没收违法所得、罚款等。如果公司对税务机关的行政处罚决定不服，可以在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。
刑事处罚风险：虚开发票行为若达到一定标准，可能触犯刑法，面临有期徒刑、罚金甚至没收财产等刑罚。一旦面临刑事调查，公司应立即聘请专业的刑事辩护律师，以获得全方位的法律支持。
五、后续处理与预防
关注后续处理结果：在配合税务部门调查并完成整改后，公司应密切关注后续的处理结果。如需进一步说明或解释，应及时与税务部门沟通。
加强内部管理：为避免类似问题再次发生，公司应加强内部管理，特别是财务管理和发票管理。建立完善的内部控制制度，确保发票的真实性和合法性。
寻求专业法律帮助：鉴于虚开发票问题的复杂性，建议公司尽快咨询专业的律师或税务顾问。他们可以提供具体的法律意见和指导，帮助公司更好地应对税务部门的调查和可能的法律诉讼。
总之，面对税务局对虚开发票的调查取证，公司应积极配合、主动纠错、加强内部管理，并寻求专业法律帮助。这样才能最大限度地减轻法律后果并保护公司的合法权益。