医疗机构科室承包在绝大多数情况下是不合法的，这一结论主要基于以下法律分析和考量：
一、法律依据与解释
《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第三十九条：
- 该条款明确规定，医疗卫生机构不得对外出租、承包医疗科室。这是最直接的法律依据，界定了医疗机构科室承包的非法性。
《医疗机构管理条例》第二十二条及其实施细则：
- 条例规定，《医疗机构执业许可证》不得伪造、涂改、出卖、转让、出借。科室承包往往涉及到《医疗机构执业许可证》的不当使用或变相转让，因此也是不被允许的。
《卫生部关于对非营利性医疗机构“科室承包”问题的批复》：
- 批复中明确指出，医疗机构将科室出租、承包给非本医疗机构人员或其他机构，并以本机构名义开展诊疗活动的，构成非法行医。
二、具体法律问题与分析
医疗质量与安全风险：
- 承包者可能因追求经济利益而忽视医疗质量和安全管理，导致医疗水平下降，患者权益受损。
- 医院难以对承包科室进行全面有效的质量控制，违反了保障医疗质量和安全的法定义务。
非法行医问题：
- 承包科室的人员若不具备相应资质，或以不恰当名义开展医疗活动，将构成非法行医，严重威胁患者生命健康。
经济违法风险：
- 科室承包过程中可能存在商业贿赂等不正当经济往来，违反《反不正当竞争法》和《刑法》的相关规定。
- 承包科室还可能存在乱收费、套取医保资金等违法行为，损害国家和患者的利益。
三、特殊情况下的考量
虽然一般情况下医院内部承包科室是不合法的，但在某些特定情况下，如基于管理创新等合理目的进行的责任、利益分配机制调整，且这种调整不违反法律法规的核心要求，能够确保医疗质量和安全、保障患者权益、规范财务管理，则可能不构成违法。然而，这种情况需要严格界定和规范操作，并需获得相关部门的批准和监管，以确保不违反相关法律法规。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 对于违反规定进行科室承包的医疗机构，县级以上人民政府卫生健康主管部门将责令改正，没收违法所得，并处以罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员也将依法给予处分。
- 若承包科室的行为严重损害就诊人身体健康，甚至造成就诊人死亡等严重后果，相关责任人员可能触犯《中华人民共和国刑法》中的非法行医罪，面临刑事处罚。
建议：
- 医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保医疗服务的公立性、公益性和质量。
- 在考虑任何形式的科室合作或调整时，应咨询专业法律人士，确保合法合规。
- 相关部门应加强对医疗行业的监管力度，以规范医疗行为并保障患者的合法权益。
综上所述，医疗机构科室承包在绝大多数情况下是不合法的，且可能带来严重的法律后果。因此，医疗机构应谨慎对待科室承包问题，确保合法合规运营。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。