子公司员工可以与总公司签订软件著作权合作开发协议，但需满足一定条件并注意相关法律问题。以下从多个角度进行分析：
一、法律主体资格
- 子公司与总公司的法律关系：子公司是独立法人，具有独立的法律地位，能够以自己的名义从事民事活动，包括签订合同。总公司作为子公司的母公司，虽然对子公司有控制权，但子公司并不因此丧失其独立法人地位。
- 员工与公司的关系：子公司员工与子公司之间存在劳动合同关系，员工在子公司的工作范围内从事活动。然而，这并不妨碍员工以个人名义或子公司名义（需子公司授权）与总公司进行合作开发。
二、合作开发协议的签订
- 协议主体：合作开发协议可以由子公司员工（作为个人或子公司代表）与总公司签订。若员工以子公司名义签订，则需获得子公司的明确授权，以确保协议的合法性和有效性。
- 协议内容：协议应明确双方的权利和义务，包括开发软件的范围、目标、进度、费用分担、知识产权归属等关键条款。特别是知识产权归属问题，应明确约定软件著作权的归属，以避免未来可能产生的纠纷。
- 法律合规性：协议内容应符合相关法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。例如，协议中不得包含非法垄断技术、妨碍技术进步等条款。
三、可能涉及的法律问题及建议
知识产权归属：
- 明确约定：在协议中明确约定软件著作权的归属，是归总公司、子公司还是双方共有。这有助于避免未来因知识产权归属问题产生的纠纷。
- 考虑员工贡献：若员工在合作开发中做出了重要贡献，应考虑在协议中给予其相应的权益保障，如署名权、奖励权等。
竞业限制与保密义务：
- 竞业限制：若协议涉及商业秘密或核心技术，应考虑在协议中设置竞业限制条款，以防止员工在合作期间或合作结束后泄露或利用这些信息。
- 保密义务：明确员工的保密义务，包括保密信息的范围、保密期限、保密措施等，以确保合作开发过程中的信息安全。
违约责任与争议解决：
- 违约责任：在协议中明确约定双方的违约责任，包括违约金的数额、赔偿范围等，以增强协议的约束力和可执行性。
- 争议解决：约定争议解决的方式和地点，如仲裁或诉讼，以及适用的法律等，以便在发生争议时能够迅速、有效地解决。
四、实际操作建议
- 咨询专业律师：在签订合作开发协议前，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并避免潜在的法律风险。
- 完善内部审批流程：若员工以子公司名义签订协议，应确保获得子公司的内部审批和授权，以避免因未经授权而引发的法律问题。
- 保留相关证据：在合作开发过程中，应保留好相关证据，如开发记录、沟通记录、测试报告等，以便在发生争议时能够证明自己的权益。
总结来说，子公司员工可以与总公司签订软件著作权合作开发协议，但需满足一定条件并注意相关法律问题。在签订协议前，建议咨询专业律师并完善内部审批流程，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。