结论：目前并没有直接的法律法规规定，仅因怀疑使用危化品就可以不让合作公司营业。但若合作公司确实存在违法使用危化品的行为，相关部门有权依法采取措施，包括责令停产停业等。以下从多个角度进行详细分析：
法律法规的直接规定：
- 在我国现行的法律法规中，并没有明确规定仅因怀疑某公司使用危化品就可以直接责令其停业。对于危化品的管理，主要依据的是《危险化学品安全管理条例》等相关法规。这些法规规定了危化品的生产、储存、使用、经营和运输等方面的安全要求，以及相应的监管措施。
- 如果合作公司确实存在违法使用危化品的行为，如未经许可擅自生产、储存或使用危化品，或者未按照安全规定进行操作等，那么相关部门（如安全生产监督管理部门、环保部门等）有权依法对其进行查处，包括责令停产停业、罚款、没收违法所得等措施。
怀疑与查实的区别：
- 怀疑只是基于某种迹象或信息而产生的对某件事情的猜测或疑虑，它并不等同于事实。在法律上，任何对公民或法人权利的限制或剥夺都必须基于确凿的事实和证据。
- 如果仅因怀疑就采取限制合作公司营业的措施，这可能构成对合作公司合法权益的侵犯，合作公司有权依法维护自己的权益，如提起行政复议或行政诉讼等。
合法合规的应对措施：
- 如果您怀疑合作公司存在违法使用危化品的行为，建议您首先收集相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，以便向相关部门举报。
- 相关部门在接到举报后，会依法进行调查核实。如果查实合作公司确实存在违法行为，那么相关部门会依法采取相应的措施进行查处。
- 在整个过程中，您应保持与相关部门的沟通联系，及时了解案件进展情况，并根据需要提供进一步的协助或证据。
可能的法律后果：
- 如果合作公司确实存在违法使用危化品的行为，并且被相关部门查实，那么合作公司可能面临责令停产停业、罚款、没收违法所得等行政处罚。
- 如果合作公司的违法行为造成了严重后果，如环境污染、人员伤亡等，那么合作公司还可能面临刑事责任的追究。
建议：在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，不要仅凭怀疑就采取行动。而是应该依法依规进行举报和投诉，让相关部门依法进行调查和处理。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。