结论：女方结婚证不在男方那里，仍然可以直接起诉离婚。结婚证虽是证明婚姻关系的重要文件，但并非起诉离婚的唯一依据。即使结婚证不在手上，也可以通过其他方式证明婚姻关系，进而启动离婚诉讼程序。

详细分析：

1. 补办结婚证：

   • 女方可以持本人身份证到原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领结婚证。婚姻登记机关会对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，会为当事人补发结婚证。拿到补办的结婚证后，即可按照正常流程启动离婚诉讼。

2. 开具婚姻登记证明：

   • 如果女方不想补办结婚证，也可以选择去婚姻登记机关开具婚姻登记证明。该证明与结婚证具有同等的法律效力，同样能够证明夫妻双方的婚姻关系。法院在审理离婚案件时会认可其效力，凭此证明，女方就可以向法院提起离婚诉讼。

3. 由相关部门调查核实：

   • 在一些特殊情况下，如婚姻登记机关因档案管理等原因无法提供婚姻登记证明，女方可以请求法院依职权向婚姻登记机关、所在单位、居委会、村委会等相关部门进行调查核实，以获取能够证明婚姻关系存在的证据材料。获得这些材料后，即可进行离婚诉讼。

法律建议：

• 准备起诉材料：除了证明婚姻关系的文件外，女方还需要准备起诉状和相关证据。起诉状应记明原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、工作单位、住所、联系方式等信息，被告的相应信息，诉讼请求和所根据的事实与理由，以及证据和证据来源等。证据可以包括身份证、相关通讯记录、照片、视频等能证明夫妻感情破裂的材料。

• 确定起诉地点：女方起诉离婚，一般在男方户籍所在地的法院起诉办理。如果男方住所地与经常居住地不一致，可以由经常居住地人民法院管辖。若男方被采取强制措施，女方也可以在自己户籍所在地的法院提起离婚诉讼。

• 寻求专业帮助：离婚诉讼涉及法律程序和证据收集等复杂问题，建议女方在起诉前咨询专业律师，以确保自己的权益得到最大程度的保护。

可能后果：

• 如果女方能够成功证明婚姻关系并提起离婚诉讼，法院将根据双方的陈述和证据判断夫妻感情是否确已破裂，是否应准予离婚。如果判决准予离婚，法院会同时处理子女抚养、财产分割等问题。

• 如果女方无法提供足够的证据证明婚姻关系或夫妻感情未破裂，法院可能不会准予离婚。此时，女方可以在六个月后再次提起离婚诉讼。

总之，即使结婚证不在男方那里，女方仍然可以通过合法途径证明婚姻关系并提起离婚诉讼。在具体操作中，建议女方根据自身情况选择合适的方式，并寻求专业律师的帮助以确保权益得到保护。