在起诉离婚时小孩未满两周岁，但开庭时已经超过两周岁的情况下，法院的判决会综合考虑多个因素，但核心原则仍是以最有利于未成年子女为出发点。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与基本规定
法律原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条的规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。然而，当子女年龄超过两周岁时，这一原则不再绝对适用，法院会更多地考虑双方的具体情况和子女的最佳利益。
基本规定：
- 对于已满两周岁的子女，如果父母双方对抚养问题协议不成，法院会根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。这意味着，法院会综合考虑父母双方的抚养能力、经济状况、生活环境、教育背景以及子女的实际需求等因素。
二、具体判决考量因素
父母的抚养能力与条件：
- 法院会评估父母双方的经济状况、生活环境、教育程度以及是否有足够的时间和精力照顾孩子。例如，如果一方有稳定的工作和收入，能够提供良好的生活和学习环境，而另一方则经济困难或无法提供稳定的生活环境，那么法院可能会倾向于将抚养权判给前者。
子女的实际需求与意愿：
- 对于已满两周岁的子女，法院会考虑其实际需求和意愿。如果子女已经具备了一定的表达能力，法院可能会询问其愿意与哪一方共同生活，并在判决时予以考虑。
其他相关因素：
- 法院还会考虑父母双方是否存在不良嗜好、家庭暴力等行为，以及祖父母或外祖父母的协助抚养能力等因素。这些因素都可能对法院的判决产生影响。
三、特殊情况下的判决
母亲存在不利情形：
- 如果母亲在子女两周岁前存在患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病、有抚养条件不尽抚养义务等情形，且这些情形在开庭时仍然存在或未得到改善，那么父亲请求直接抚养的，法院可能会予以支持。
双方协商一致：
- 如果父母双方能够就子女的抚养问题达成一致意见，并且该意见符合未成年子女的最佳利益，法院通常会予以尊重并据此作出判决。这体现了法律对当事人意思自治的尊重。
四、建议与注意事项
准备充分证据：
- 在诉讼过程中，父母双方应准备充分的证据来证明自己的抚养能力和条件，以及对方存在的不利情形（如有）。这些证据可以包括收入证明、居住证明、教育背景证明、医疗记录等。
关注子女意愿：
- 如果子女已经具备了一定的表达能力，父母双方应关注其意愿，并尽量在协商或诉讼过程中予以考虑。这有助于减少诉讼对子女造成的心理伤害，并促进判决的顺利执行。
寻求专业帮助：
- 在处理此类复杂问题时，父母双方可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助准备证据、参与协商或诉讼等，以维护自己和子女的合法权益。
总结来说，在起诉离婚时小孩未满两周岁但开庭时已经超过两周岁的情况下，法院的判决会综合考虑多个因素，并以最有利于未成年子女为出发点。父母双方应准备充分证据、关注子女意愿，并在必要时寻求专业帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。