若挂靠公司对税务问题确实不知情，可按以下步骤处理，但需注意不同情况下的法律责任差异：

1. 立即自查并固定证据

   • 挂靠方（实际经营方）应第一时间梳理所有税务相关凭证（如发票、纳税申报表、合同等），确认是否存在虚开发票、偷逃税等违法行为。
     
   • 若发现挂靠方私自以被挂靠公司名义开展业务且未告知税务问题，需立即收集双方挂靠协议、沟通记录等证据，证明被挂靠公司对税务违规不知情。
     法律依据：根据《税收征收管理法》第六十三条，偷税行为需以“故意”为要件，若能证明无主观故意，可避免被认定为共同违法。

2. 主动向税务机关说明情况

   • 被挂靠公司应携带自查证据（如挂靠协议、财务独立证明等），向主管税务机关书面说明挂靠关系及税务问题细节，强调自身未参与实际经营且无过错。
     
   • 若税务机关已立案调查，需配合提供资料，但可申请听证或行政复议，主张“不知情”的抗辩理由。
     风险提示：若被挂靠公司曾收取管理费或参与部分经营，可能被认定为“默许”违规，需提前评估证据充分性。

3. 区分法律责任主体

   • 行政责任：若税务机关认定被挂靠公司无过错，可能仅对挂靠方处罚（如补税、滞纳金、罚款）；若认定被挂靠公司存在管理疏漏（如未审核挂靠方资质），可能被处以“未履行监管义务”的罚款（通常为应纳税款50%以下）。
     
   • 刑事责任：若挂靠方构成逃税罪、虚开发票罪等，被挂靠公司仅在“明知或应知”违规仍提供便利时才承担刑事责任。若能证明完全不知情，可避免刑事追责。
     案例参考：某法院判决中，被挂靠公司因未审核挂靠方发票真实性被判承担30%行政罚款，但因无犯罪故意未追究刑事责任。

4. 后续风险防范

   • 立即终止与挂靠方的合作，并公告声明挂靠关系终止，避免被认定为“持续默许”违规。
     
   • 完善内部合规制度（如挂靠方资质审核、税务合规培训、定期财务核查），留存书面记录以备查。
     
   • 考虑通过法律途径向挂靠方追偿损失（如补缴的税款、罚款及声誉损失）。

关键提醒：税务问题处理需高度谨慎，建议根据具体证据情况制定应对方案。若有进一步细节（如挂靠协议内容、税务违规类型等），可向我补充说明，我会结合实务经验提供更精准的建议。