针对您提出的“水路运输企业违规挂靠怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，“挂靠”在水路运输领域并不被法律认可，它是一种边缘化的做法。根据《最高人民法院关于国内水路货物运输纠纷案件法律问题的指导意见》，被挂靠公司即负有安全生产主体责任的公司，对于挂靠船舶的违法行为，被挂靠公司需承担相应的法律责任。
对于水路运输企业违规挂靠的具体处罚，虽然直接的处罚条款可能并未明确提及“违规挂靠”，但我们可以根据相关法规的精神和原则进行推断。一般来说，如果挂靠行为导致了严重的违法行为，如超载、超速、未按规定配备安全设备等，海事部门或交通主管部门会依据相关法规对被挂靠公司进行处罚。这些处罚可能包括：
罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，对被挂靠公司处以一定数额的罚款。罚款的数额可能依据违法所得、造成的损失或相关法规规定的标准来确定。
停业整顿：对于严重违法的挂靠行为，海事部门或交通主管部门可能会要求被挂靠公司停业整顿，以整改其违法行为并确保安全生产。
吊销许可证：在极端情况下，如果挂靠行为导致了严重的安全事故或违法行为，且被挂靠公司拒不整改或整改无效，相关部门可能会吊销其水路运输许可证，禁止其继续从事水路运输业务。
此外，根据《中华人民共和国水路运输管理条例》的相关规定，如果水路运输企业存在未经批准擅自设立、超越经营范围从事经营活动、违反国家有关规定收取运费或服务费等违法行为，也会受到相应的处罚，包括没收违法所得、罚款等。虽然这些条款并未直接提及“违规挂靠”，但违规挂靠往往与这些违法行为紧密相关，因此被挂靠公司也可能因这些违法行为而受到处罚。
建议：
加强内部管理：水路运输企业应建立健全内部管理制度，明确挂靠行为的禁止性规定，并加强对员工的培训和教育，提高其对法律法规的遵守意识。
定期自查自纠：企业应定期对自身的经营行为进行自查自纠，及时发现并纠正违规挂靠等违法行为，避免受到相关部门的处罚。
积极配合调查：如果企业被相关部门调查涉嫌违规挂靠等违法行为，应积极配合调查工作，如实提供相关证据和信息，以便相关部门尽快查明事实并作出公正处理。
综上所述，水路运输企业违规挂靠将可能面临罚款、停业整顿甚至吊销许可证等处罚。因此，企业应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，避免违规行为的发生。