结论：在法院拍卖流拍后，若申请执行人选择以物抵债，对于抵债后未执行到位的剩余债权部分，法律有明确的规定和处理方式。具体来说，若抵债财产的价值低于债权金额，剩余债权部分仍由被执行人继续承担清偿责任；若存在多个债权人，则按照法定受偿顺位进行分配。

一、剩余债权部分的处理原则

1. 继续清偿原则：当抵债财产的价值不足以清偿全部债权时，剩余债权部分并不因此消灭，而是继续由被执行人承担清偿责任。这意味着，债权人仍有权就剩余债权部分向被执行人追偿。

2. 法定受偿顺位原则：若存在多个债权人，且抵债财产的价值不足以清偿全部债权，则按照法定受偿顺位进行分配。一般来说，优先受偿的债权人（如享有抵押权、质权等担保物权的债权人）会先得到清偿，剩余部分再按照其他债权人的债权比例进行分配。

二、具体法律规定与操作流程

1. 法律规定：

   • 根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第十六条，拍卖时无人竞买或者竞买人的最高应价低于保留价，到场的申请执行人或者其他执行债权人申请或者同意以该次拍卖所定的保留价接受拍卖财产的，应当将该财产交其抵债。若有两个以上执行债权人申请以拍卖财产抵债的，由法定受偿顺位在先的债权人优先承受；受偿顺位相同的，以抽签方式决定承受人。承受人应受清偿的债权额低于抵债财产的价额的，人民法院应当责令其在指定的期间内补交差额。
   • 该规定第二十六条也明确，不动产、动产或者其他财产权拍卖成交或者抵债后，该不动产、动产的所有权、其他财产权自拍卖成交或者抵债裁定送达买受人或者承受人时起转移。这意味着，一旦法院作出以物抵债的裁定，抵债财产的所有权即转移至债权人，但剩余债权部分的处理仍需遵循上述原则。

2. 操作流程：

   • 提出申请：债权人需向负责执行的法院提交书面申请，明确表示愿意以流拍财产抵偿债务，并说明剩余债权部分的处理意愿。
   • 法院审查与裁定：法院会对债权人的申请进行审查，核实债权情况、拍卖程序的合法性等。若申请符合法律规定，且没有其他优先受偿权等障碍，法院将作出裁定，将流拍财产按拍卖保留价裁定给申请以物抵债的债权人，用以抵偿相应债务。同时，法院会明确剩余债权部分的处理方式。
   • 执行与分配：若抵债财产的价值低于债权金额，法院会责令被执行人在指定期间内继续清偿剩余债务。若存在多个债权人，则按照法定受偿顺位进行分配。

三、特殊情况与风险提示

1. 权利瑕疵处理：若流拍财产存在产权不清晰、其他优先受偿权等权利瑕疵，法院可能会根据具体情况决定是否支持债权人以物抵债的申请。这可能会影响剩余债权部分的处理方式和结果。

2. 差额部分处理：当抵债财产的价值与债权金额不完全相等时，法院需要对差额部分进行处理。若债权人应受清偿的债权额低于抵债财产的价额，法院会责令债权人在指定期间内补交差额；若抵债财产的价值低于债权金额，则剩余债权部分由被执行人继续承担清偿责任。

3. 法律后果不可逆性：以物抵债裁定生效后不得随意撤销。因此，债权人在申请以物抵债前应充分评估抵债财产的价值和剩余债权部分的处理方式，以避免不必要的法律风险。

四、建议与总结

在处理法院拍卖流拍后以物抵债及剩余债权部分的问题时，债权人应充分了解相关法律法规和操作流程，并积极与法院沟通协作。同时，债权人应谨慎评估抵债财产的价值和剩余债权部分的处理方式，以确保自身权益得到有效保障。若遇到复杂情况或不确定的法律问题，建议及时向我咨询，以便获得更专业、更全面的法律帮助。