运输公司收费不合理的问题，主要归当地的交通运输管理部门或者市场监督管理部门来管。以下是从不同角度的详细分析：

1. 交通运输管理部门：

   • 职责范围：交通运输管理部门是负责监管交通运输行业的主要机构，包括公路、水路、铁路、航空等运输方式的监管。它们负责制定和执行相关的运输政策、法规和标准，确保运输市场的公平竞争和秩序。
   • 处理方式：如果运输公司的收费行为违反了交通运输管理部门制定的相关法规或标准，比如超出了政府指导价或者市场调节价的合理范围，那么交通运输管理部门有权对其进行调查和处理。这可能包括责令改正、罚款、吊销运输许可证等措施。

2. 市场监督管理部门：

   • 职责范围：市场监督管理部门是负责监管市场秩序和保护消费者权益的机构。它们负责监督企业的经营行为，确保市场公平竞争，防止不正当竞争和欺诈行为。
   • 处理方式：如果运输公司的收费行为被认定为不正当竞争或者欺诈行为，比如通过虚假宣传、隐瞒真相等手段误导消费者，那么市场监督管理部门有权对其进行调查和处理。这可能包括责令停止违法行为、没收违法所得、罚款等措施。

在实际操作中，你可以按照以下步骤来维护自己的权益：

• 收集证据：首先，你需要收集足够的证据来证明运输公司的收费行为是不合理的。这可能包括运输合同、收费凭证、相关法规或标准等。
• 向相关部门投诉：然后，你可以向当地的交通运输管理部门或者市场监督管理部门投诉，提供你所收集的证据，并说明你的诉求。
• 寻求法律援助：如果投诉没有得到满意的解决，你还可以考虑寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的权益。

另外，我还想提醒你：

• 在选择运输公司时，尽量选择有良好信誉和口碑的公司，以降低遇到不合理收费的风险。
• 在签订运输合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于收费的部分，确保自己的权益得到保障。

如果你在处理这类问题时遇到任何困难或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律意见和支持。