您好，针对您提出的“申请复查已经超过回复期限，是否还属于正在办理”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确复查申请的回复期限。根据相关规定，信访人对信访处理意见不服的，应在30天内依法提出复查申请。这是为了保障信访事项的及时处理和有效解决，避免长时间拖延。

接下来，针对您的情况，如果您的复查申请已经超过了规定的回复期限，那么根据常规流程，这通常意味着您的复查申请已经不再处于“正在办理”的状态。因为，在规定的期限内未得到回复或处理，往往被视为该申请流程已经结束或终结。

具体来说，对于无正当理由未在规定期限内提出复查申请的，会被视为行政三级办理终结。这意味着，一旦超过期限，您的复查申请将不再被受理，且该信访事项将被视为已经处理完毕。当然，这并不意味着您无法再就该事项提出任何诉求或意见，但需要通过其他途径或方式来进行。

此外，我还想强调的是，复查复核是信访事项办理的重要一环，其目的在于发挥监督纠错、化解矛盾的功能，切实维护信访群众的合法权益。因此，如果您对信访处理意见确实存在异议，建议您在规定的期限内及时提出复查申请，并积极配合相关部门进行复查复核工作，以便更好地维护自己的权益。

综上所述，如果您的复查申请已经超过了规定的回复期限，那么该申请通常不再属于“正在办理”的状态。希望我的解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。