针对您提出的问题，即男方户口在农村但居住地在市区，想要起诉离婚应该如何操作，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据我国民事诉讼法的规定，离婚诉讼原则上应由被告住所地人民法院管辖。但在此情况下，由于男方（被告）的居住地与户口所在地不一致，我们需要根据具体情况来确定管辖法院。

一、确定管辖法院

1. 如果男方离开农村户口所在地超过1年：

   • 那么根据法律规定，您可以向自己（原告）的住所地人民法院提起诉讼。

2. 如果双方都离开各自的住所地超过1年：

   • 并且男方在市区有经常居住地（即连续居住满1年以上的地方），那么您应向男方的经常居住地人民法院提起诉讼。
   • 如果男方在市区没有经常居住地，那么您可以向自己起诉时的居住地人民法院提起诉讼。

二、准备诉讼材料

在确定了管辖法院之后，您需要准备以下诉讼材料：

1. 离婚起诉状：

   • 起诉状中应写明原告和被告的基本情况（包括姓名、性别、出生年月、民族和住所地等）。
   • 明确您的诉讼请求，如请求法院判决离婚、孩子的抚养问题、财产分割等。
   • 书写事实与理由，概括双方何时结婚、何时生子、因何原因离婚等情况。

2. 夫妻婚姻关系的证明：

   • 即结婚证原件，这是证明夫妻关系存在的必要资料。

3. 原告的身份证或户口本原件及复印件：

   • 用于证明您的身份和诉讼主体资格。

4. 孩子的出生证或户口本（如有孩子）：

   • 这主要针对有抚养权之争的情况，用于证明孩子的身份和出生情况。

5. 夫妻共同财产清单：

   • 包括动产和不动产的名称、规格、件数、价值等方面的内容，用于财产分割的参考。

三、提交诉讼并等待法院处理

1. 将准备好的起诉状和证据材料提交给有管辖权的法院。
2. 法院在收到起诉状后，会决定是否受理该诉讼。
3. 如果法院受理了该离婚诉讼案件，会在法定时间内向男方发送起诉状副本。
4. 法院会安排开庭时间，并向双方发送传票。
5. 在开庭时，双方需要出庭并陈述自己的意见和证据。
6. 法院会根据原告方的诉讼请求和双方提交的证据情况，对是否准予离婚、如何分割财产、子女抚养问题如何解决等问题作出判决。

四、注意事项

• 在整个诉讼过程中，请保持冷静和理性，尊重法院和对方的意见。
• 如果可能的话，建议咨询专业的律师以获取更具体的法律建议和帮助。
• 请确保提供的所有证据材料都是真实、合法和有效的。

希望以上解答能够帮助您更好地了解起诉离婚的流程和注意事项。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。