结论：关于“申请撤销已经超过5年可否申请确认无效”的问题，这主要取决于具体的法律情境和所涉及的法律条款。一般来说，若涉及的是民事法律行为的无效确认，且该行为自始无效，那么通常不受时间限制，可以申请确认无效；但若涉及的是撤销权的行使，且已超过法定的撤销期限（如5年），则一般不能再申请撤销，但特殊情况除外。以下是对此问题的详细分析：
一、民事法律行为无效确认的一般原则
自始无效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，如果一项民事法律行为因违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等原因而被认定为无效，那么该行为从一开始就不具有法律效力，不受时间限制，任何时候都可以申请确认无效。
不受时效限制：与撤销权不同，确认民事法律行为无效的请求权通常不受诉讼时效的限制。因为无效行为自始无效，其无效性不因时间的推移而改变，所以当事人可以随时向法院申请确认无效。
二、撤销权行使的期限限制
一般规定：如果问题中涉及的是撤销权的行使，那么情况就有所不同。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，撤销权通常需要在一定的期限内行使，否则将丧失撤销的权利。例如，在可撤销的民事法律行为中，当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内没有行使撤销权的，撤销权消灭。此外，还有一些特殊情况下，撤销权的行使期限可能更长，但一般也不会超过五年（如重大误解的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内没有行使撤销权，撤销权消灭；当事人自民事法律行为发生之日起五年内没有行使撤销权的，撤销权消灭，但此处的五年是自民事法律行为发生之日起算，且存在特殊情形下的适用）。然而，若这里的“5年”指的是自民事法律行为发生之日起算的五年，且已超过该期限，同时不存在特殊情形，则一般不能再申请撤销。
特殊情况：需要注意的是，虽然撤销权通常需要在一定期限内行使，但也存在一些特殊情况。例如，如果当事人因受欺诈、胁迫等原因而实施了民事法律行为，且在法定期限内未能行使撤销权，但在后续发现了新的证据或者情况发生了变化，使得撤销权的行使成为必要和可能，那么当事人仍然可以向法院申请撤销。不过，这种情况下的撤销权行使需要满足一定的条件，并由法院进行审查和判断。
三、具体情境下的法律分析
合同无效与撤销的区别：如果问题中涉及的是合同，那么需要明确合同无效与合同撤销的区别。合同无效是指合同自始不具有法律效力，而合同撤销则是指因合同存在可撤销的情形（如欺诈、胁迫、重大误解等），当事人可以在一定期限内请求法院或仲裁机构撤销合同。如果合同被撤销，那么自撤销之日起合同视为无效。但如前所述，撤销权的行使通常需要在一定期限内完成。
其他民事法律行为的无效与撤销：除了合同之外，其他民事法律行为（如婚姻登记、遗嘱等）也可能存在无效与撤销的问题。对于这些行为，同样需要根据具体的法律条款和情境来判断是否可以申请确认无效或撤销。
四、建议与注意事项
咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和多样性，建议在遇到具体法律问题时咨询专业律师。律师可以根据具体的法律条款和情境为你提供准确的法律意见和帮助。不过，作为王旭东律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询。
注意时效限制：如果涉及的是撤销权的行使，那么一定要注意时效限制。在法定期限内行使撤销权是保护自己合法权益的关键。如果超过了法定期限，那么可能会丧失撤销的权利。
收集证据：无论是申请确认无效还是申请撤销，都需要收集充分的证据来支持自己的主张。证据是法院或仲裁机构判断案件事实和适用法律的重要依据。
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