当管理人不承认破产企业的借条时，作为债权人，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
一、了解不予确认的原因
首先，你需要仔细查阅破产管理人出具的《债权审查结果告知书》或相关通知，明确不予确认的具体原因。常见的原因可能包括：
- 证据不足：你提供的证明债权成立的证据不充分或不完整，比如借条本身存在瑕疵，或者缺乏转账记录等辅助证据。
- 债权已过诉讼时效：你的主张超过了法律规定的诉讼时效期间，导致债权在法律上不再受保护。
- 债权存在争议：你与债务人或其他债权人之间对债权的真实性、数额等存在争议，管理人无法直接确认。
- 不符合法律规定：你的债权不符合《中华人民共和国企业破产法》等相关法律法规的规定，比如涉及非法债务等。
二、补充证据或提出异议
补充证据：
- 如果不予确认的原因是证据不足，你应在规定的期限内（如收到通知后的十五日内）向破产管理人补充提供能够证明债权成立的相关证据材料。
- 证据材料可以包括合同、协议、收据、转账记录、催款函件等，这些证据应能清晰证明债务的金额、性质及双方的权利义务关系。
提出异议：
- 如果你认为破产管理人的不予确认决定有误，可以在规定的期限内向破产管理人提出书面异议，并说明理由和依据。
- 破产管理人在收到异议后，会进行复查，并将复查结果书面通知你。
三、申请复核或提起诉讼
申请复核：
- 如果你对破产管理人的复查结果仍有异议，可以向破产管理人申请复核。
- 复核期间，破产管理人应组织相关人员对债权进行再次审查，并作出最终决定。
提起诉讼：
- 如果你对破产管理人的最终决定仍然不服，可以根据《中华人民共和国企业破产法》第五十八条的规定，自收到通知之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，你需要提供充分的证据证明债权的真实性和合法性，由人民法院依法作出裁决。如果法院判决你的债权成立，破产管理人应当按照判决结果承认并处理该债权。
四、注意事项
遵守法定程序：
- 你在处理债权确认纠纷时，必须严格遵守法定的程序和期限要求，否则可能会丧失相应的权利。
保留证据：
- 你应妥善保管与债权相关的所有证据材料，以便在需要时能够及时提供。
关注破产程序进展：
- 你应密切关注破产程序的进展情况，及时了解管理人和法院的决策和通知，以便及时采取应对措施。
五、示例说明
假设你持有一张破产企业的借条，但管理人以证据不足为由不予确认。你可以按照以下步骤操作：
- 收集证据：除了借条本身，你还应收集与借款相关的转账记录、聊天记录、催款函件等证据。
- 提出异议：向破产管理人提交书面异议，附上你收集到的所有证据材料，并说明你的债权是如何形成的、金额是多少等。
- 申请复核：如果破产管理人仍然不认可你的债权，你可以申请复核，并再次提交证据材料。
- 提起诉讼：如果复核结果仍然不利，你可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，要求法院确认你的债权。
总之，面对管理人不承认破产企业借条的情况，你应保持冷静，依法维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。