针对您提出的“招标3年，履行合同1年后发现中标人有围标串标行为如何处理”的问题，这是一个涉及法律后果、处理流程以及时效问题的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律后果
中标无效：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条，一旦查实中标人存在围标串标行为，无论时间过去多久，中标结果都将被认定为无效。
民事责任：
- 串标方需对其他投标人因串标行为导致的经济损失承担赔偿责任，这包括但不限于投标成本、预期利润等。
- 若施工合同因此被认定为无效，但工程验收合格，招标人仍需参照合同约定支付工程款；若工程不合格，则需修复后付款或折价补偿。
行政责任：
- 串标行为人及单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员将面临罚款，具体金额依中标项目金额计算。
- 若存在违法所得，将予以没收。
- 情节严重者，将被取消一至三年内参与依法必须进行招标的项目的投标资格，甚至可能被吊销营业执照。
刑事责任：
- 若串标行为情节严重，可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百二十三条的串通投标罪，面临三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的处罚。
二、处理流程
调查核实：
- 招标人、相关行政监督部门或其他利害关系人应发起调查，收集充分证据以证明串标行为的存在。这包括文件类证据（如投标文件异常相似、通信记录、资金往来凭证）、电子数据（如邮件、聊天记录、服务器日志）以及人员证言等。
作出处理决定：
- 招标人可根据招标文件和相关法律法规宣布中标无效，并重新组织招标。
- 行政监督部门将依法对串标行为进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得、取消投标资格等。
- 涉嫌犯罪的案件将移送司法机关处理，由司法机关依法追究刑事责任。
三、时效问题
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，违法行为通常在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。但串标行为若导致严重危害后果，可能适用更长时效。
- 民事赔偿责任和刑事责任不受行政处罚时效的限制。受损害方仍可通过民事诉讼要求赔偿，司法机关也可依法追究刑事责任。刑事追诉时效为五年（自犯罪行为终了之日起计算），需核查是否超过时效。
四、实际操作建议
对招标人：
- 启动内部合规审查，排查类似风险，确保未来招投标活动的公平、公正。
- 配合执法机关调查，避免包庇责任，同时依法维护自己的合法权益。
- 重新评估工程质量及后续合作安全性，确保项目顺利进行。
对涉事企业：
- 自查阶段应封存相关文件资料，评估法律风险敞口。
- 应对阶段应主动退还不当得利，与执法机关协商从轻处理，并完善内控机制防止再犯。
对行业参与者：
- 建立投标信息加密系统，确保投标信息的安全性和保密性。
- 实施匿名评审制度，减少人为干预和串标行为的可能性。
- 定期开展反舞弊培训，提高员工的法律意识和道德水平。
综上所述，中标后三年发现串标行为是一个严肃的法律问题，需要依法进行全面、细致的处理。招标人、涉事企业以及行业参与者都应积极配合相关部门的调查和处理工作，同时加强自身的合规管理和风险控制能力。