在男方起诉离婚的案件中，关于孩子抚养权的判决，法院会遵循一个核心原则，即确保未成年子女的最佳利益。这一原则贯穿于整个判决过程，并会综合考虑多种因素来做出最终决定。以下是对这一问题的详细解答：
一、总体原则与考虑因素
法院在判决孩子抚养权时，会全面审视父母的抚养能力、条件，以及孩子的年龄、健康状况、意愿（若达到一定年龄）等。这些因素共同构成了法院判决的基础，旨在确保孩子能在最有利于其健康成长的环境中生活。
二、不同年龄段孩子的抚养权判决规则
不满两周岁的子女：
- 原则：通常由母亲直接抚养，因为这一阶段的子女对母亲有强烈的生理和情感依赖。
- 例外：若母亲存在严重疾病、不尽抚养义务或其他原因导致子女不宜随其生活，父亲可请求直接抚养。
已满两周岁的子女：
- 判决依据：法院会根据双方的具体情况，按照最有利于子女的原则进行判决。
- 主要考虑因素：
- 经济状况：稳定的收入和良好的经济条件能为子女提供更好的生活、教育和医疗环境。
- 居住条件：包括住房的安全性、适宜性以及周边配套设施的完善程度。
- 陪伴时间与照料能力：一方能更多陪伴和照顾孩子，相比工作繁忙、无暇顾及的另一方，更有可能获得抚养权。
- 教育背景和品德修养：较高的教育背景和良好的品德修养有助于教育和引导孩子。
- 生活习惯和成长环境：维持孩子原有的稳定生活环境，避免改变带来的不利影响。
- 祖父母或外祖父母的抚养意愿和能力：如果孩子长期由祖父母或外祖父母照顾，且他们有能力并愿意继续协助照顾，这也会作为判决的参考因素。
已满八周岁的子女：
- 尊重意愿：法院会认真听取并尊重孩子的真实意愿，因为这一阶段的子女已经具备一定的认知和判断能力。
三、其他特殊情况
- 若一方存在重婚、虐待、遗弃家庭成员等恶劣行为，或者长期不履行抚养义务，这些都可能影响抚养权的判决结果。法院会视具体情况，可能将抚养权判给另一方，以确保孩子的身心健康和安全。
四、司法实践中的操作与建议
- 调解与庭审：法院可能通过调解、庭审等多种方式全面了解双方情况和子女需求，以做出最合理的判决。
- 可能的结果：判决结果可能包括一方直接抚养、另一方支付抚养费，或在某些情况下判定双方共同抚养。
- 专业咨询：由于抚养权判决涉及多个复杂因素，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律策略和指导。
综上所述，男方起诉离婚后孩子的抚养权归属是一个复杂而细致的过程。法院会综合考虑多种因素，确保判决结果最有利于孩子的健康成长。因此，在处理这类问题时，请务必保持冷静和理性，积极寻求专业法律帮助，以维护您和孩子的合法权益。