当男方起诉离婚且子女年仅两周岁时，法院在判决孩子抚养权归属时，会遵循“最有利于未成年子女”的原则进行综合考量。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院判决的基本原则
法院在判决两周岁孩子抚养权时，首要考虑的是孩子的健康成长和最佳利益。法官会综合评估男女双方的财务状况、教育抚养能力、家庭生活环境以及与孩子之间的亲密度等因素，以确定哪一方更能为孩子提供稳定、健康、有爱的成长环境。
二、母亲通常获得抚养权的情况
孩子年龄因素：两周岁以内的孩子尚处于幼儿期，更需要母亲的照顾和陪伴。因此，在一般情况下，法院会倾向于将孩子判给母亲抚养。
母亲抚养条件：如果母亲具备稳定的收入、良好的居住环境以及科学的抚养规划，能够为孩子提供全面的生活照顾和教育引导，那么母亲获得抚养权的可能性会更大。
三、父亲可能获得抚养权的情况
尽管两周岁以内的孩子通常随母亲生活，但父亲在以下情况下仍有可能获得抚养权：
母亲存在不宜抚养的情形：如母亲患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；或者母亲有抚养条件却不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活。
父亲抚养条件更优：如果父亲能够提供有力证据证明自身拥有更为优越的抚养基础和实力，如稳定的工作和收入、良好的居住环境、科学的抚养规划等，那么父亲也有可能赢得对孩子的抚养权。
四、抚养费的确定
无论孩子抚养权判给哪一方，另一方都需要支付抚养费。抚养费的数额根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定。对于有固定收入的，抚养费一般可按其月总收入的百分之二十至三十的比例给付；无固定收入的，抚养费的数额可依据当年总收入或同行业平均收入，参照上述比例确定。
五、其他相关事项
变更抚养权：如果后期抚养方出现严重不利于孩子成长的情况，如虐待孩子、患严重疾病无法继续抚养等，另一方可以申请变更抚养权。
探视权：未直接抚养孩子的一方享有探视权，具体的探视方式、时间等可以由双方协商确定，也可以由法院判决。
综上所述，当男方起诉离婚且子女年仅两周岁时，法院在判决孩子抚养权归属时会综合考虑多方面因素。建议双方在诉讼过程中积极收集证据，展示自己的抚养能力和对孩子的关爱，以争取最有利的判决结果。