非法流转土地的处罚主体及方式，主要依据违法行为的性质和严重程度来确定，具体如下：
行政处罚：
- 处罚主体：县级以上人民政府自然资源主管部门。
- 处罚方式：
- 责令限期改正，没收违法所得。违法所得的计算方式根据土地取得方式的不同而有所区别，若是以出让方式取得的土地使用权，违法所得为转让收入扣除地价款、税费和开发成本后的净收入；若是划拨土地使用权，则为转让收入扣除补缴的土地出让金和税费后的余额。
- 罚款，罚款额一般为违法所得的50%以下，具体罚款标准可能因地区和情节而异。
- 若非法转让的土地上已建有建筑物或其他设施，且违反土地利用总体规划，需限期拆除并恢复土地原状；若建筑符合规划要求，则可将建筑物和设施予以没收。
- 对国家机关工作人员参与非法转让土地，或行政机关及其公务员非法转让土地的，依法给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。
刑事处罚：
- 处罚主体：司法机关（法院）。
- 处罚条件：如果非法转让土地的行为情节严重，可能构成非法转让、倒卖土地使用权罪。
- 处罚方式：
- 情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金。
- 情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处非法转让、倒卖土地使用权价额百分之五以上百分之二十以下罚金。
- “情节严重”与“情节特别严重”的认定：
- 情节严重：非法转让、倒卖基本农田五亩以上的；非法转让、倒卖基本农田以外的耕地十亩以上的；非法转让、倒卖其他土地二十亩以上的；非法获利五十万元以上的；接近上述数量标准并具有其他恶劣情节，如曾因同类行为受过行政处罚或造成严重后果等。
- 情节特别严重：非法转让、倒卖基本农田十亩以上的；非法转让、倒卖基本农田以外的耕地二十亩以上的；非法转让、倒卖其他土地四十亩以上的；非法获利一百万元以上的；接近上述数量标准并具有其他特别恶劣情节，如造成极其严重后果等。
民事责任：
- 责任主体：非法转让土地的行为人。
- 责任方式：因非法转让土地给他人造成损失的，应承担民事赔偿责任，赔偿对方因此遭受的直接损失和合理的间接损失。
综合分析：
非法流转土地不仅违反了国家土地管理法规，还扰乱了土地市场秩序，损害了国家和集体的利益。因此，法律对此类行为采取了严厉的打击措施，包括行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿。在实际操作中，应根据具体情况综合考虑各种因素，如违法行为的性质、情节、后果等，确保法律的正确适用和公正执行。
建议：
- 广大民众应增强法律意识，遵守土地管理法规，不参与非法流转土地的行为。
- 如果发现非法流转土地的行为，应及时向相关部门举报，共同维护土地市场的健康有序发展。
- 如果您或您身边的人涉及非法流转土地的问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。