摩托车改装原厂发动机是否合法，需分情况讨论：
若改装行为未改变车辆原有性能参数，且符合相关法规要求：
- 在这种情况下，如果改装仅仅是对原厂发动机进行维护、保养或更换原厂配件，且这些行为并未改变车辆的动力、排放等关键性能参数，同时改装后的车辆仍然符合道路交通安全法规以及环保标准，那么这种改装行为通常是合法的。但需要注意的是，即使是这样的改装，也建议车主在改装前咨询当地交通管理部门或专业律师，以确保改装行为完全符合法规要求。
若改装行为改变了车辆原有性能参数，或未经过相关部门审批：
- 如果改装行为涉及对发动机进行性能提升、改造或更换非原厂配件，导致车辆的动力、排放等关键性能参数发生改变，那么这种改装行为很可能违反了道路交通安全法规以及环保标准。此外，即使改装行为本身不直接改变车辆性能参数，但如果未经过相关部门（如车辆管理所）的审批或备案，也可能被视为非法改装。
- 法律后果：非法改装摩托车发动机可能面临罚款、扣留车辆、甚至吊销驾驶证等处罚。同时，如果改装后的车辆因性能改变导致交通事故，车主还可能承担相应的法律责任。
法律建议：
- 遵守法规：车主在进行摩托车改装时，应严格遵守道路交通安全法规以及环保标准，确保改装行为合法合规。
- 咨询专业意见：在改装前，建议车主咨询当地交通管理部门或专业律师，了解改装行为的具体法规要求以及可能面临的法律风险。
- 保留证据：如果车主认为自己的改装行为是合法的，应保留好相关证据（如改装合同、发票、改装前后的车辆照片等），以便在面临法律纠纷时维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 对于某些特殊类型的摩托车（如赛车、竞技摩托车等），其改装行为可能受到更为严格的法规限制。车主在进行这类摩托车的改装时，应特别注意遵守相关法规要求。
如有任何关于摩托车改装或交通法规方面的疑问，可以直接向我咨询。