拆迁的小区设置出入证是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，若符合相关法律法规及程序要求，设置出入证是合法的。以下从不同角度进行分析：
合法性依据
物业管理权限：
- 根据《物业管理条例》等相关规定，物业服务企业有权根据小区管理需要，制定并执行小区内的管理制度，包括出入管理。设置出入证是物业服务企业为了维护小区秩序、保障居民安全而采取的一种管理措施。
政府拆迁安置政策：
- 在拆迁安置过程中，政府或相关部门可能会出台特定的管理政策，包括出入管理。如果拆迁小区设置出入证是依据政府或相关部门的政策要求，且该政策符合法律法规，那么这种做法是合法的。
居民同意与协商：
- 如果拆迁小区的居民通过协商一致，同意设置出入证作为小区管理的一部分，并且这种协商过程符合相关法律法规和程序要求，那么设置出入证也是合法的。
合法性前提与程序要求
合法性前提：
- 设置出入证必须基于合法的管理目的，如维护小区秩序、保障居民安全等。
- 不得侵犯居民的合法权益，如限制居民的自由出入权等。
程序要求：
- 制定出入证管理制度时，应广泛征求居民意见，确保居民的知情权和参与权。
- 出入证管理制度应明确、合理，并公示于众，以便居民了解和遵守。
- 如果涉及收费等事项，应明确收费标准、用途及管理方式，并接受居民监督。
可能的法律后果与争议解决
法律后果：
- 如果拆迁小区设置出入证符合法律法规及程序要求，且未侵犯居民合法权益，那么这种做法将得到法律保护。
- 如果设置出入证存在违法行为或侵犯居民合法权益，居民有权向相关部门投诉或寻求法律救济。
争议解决：
- 如果居民对拆迁小区设置出入证有异议，应首先与物业服务企业或相关部门进行协商沟通。
- 如果协商无果，居民可以向当地房地产管理部门、街道办事处或社区居委会等投诉，寻求调解或处理。
- 在必要时，居民还可以通过法律途径解决争议，如提起行政诉讼或民事诉讼等。
总结与建议：拆迁的小区设置出入证在符合相关法律法规及程序要求的情况下是合法的。为了确保合法性和减少争议，建议物业服务企业在制定出入证管理制度时广泛征求居民意见、明确管理制度内容并公示于众。同时，居民也应积极了解并遵守小区管理制度，共同维护小区秩序和安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。