核心结论：离婚多年后，对于婚姻存续期间公司资产，婚内协议约定公司股权归女方所有的，一般情况下该股权归女方个人所有，但存在一些特殊情况可能影响股权的归属或处理方式。以下分情况详细说明：

1. 婚内协议合法有效且无其他特殊情形

   • 股权归属：如果婚内协议是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等导致合同无效或可撤销的情形，且协议内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么该协议是合法有效的。在这种情况下，即使离婚多年，公司股权依然归女方所有。
   • 处理方式：女方作为股权的所有者，可以按照自己的意愿行使股东权利，如参与公司决策、获取分红等。如果公司有其他股东，女方在行使权利时可能需要遵循公司章程和相关法律法规的规定，例如在股权转让时可能需要其他股东过半数同意等。

2. 婚内协议存在瑕疵或无效情形

   • 协议无效：如果婚内协议存在欺诈、胁迫、恶意串通损害国家、集体或第三人利益、以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益、违反法律、行政法规的强制性规定等情形，那么该协议可能被认定为无效。一旦协议无效，公司股权将按照法定财产制进行处理，即婚姻存续期间公司股权所对应的增值部分等可能属于夫妻共同财产，需要进行分割。
   • 可撤销情形：如果一方在签订婚内协议时存在重大误解、显失公平等可撤销的情形，受损害方可以在法定期限内请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。协议被撤销后，同样按照法定财产制处理公司股权。

3. 公司股权发生变动

   • 股权转让：如果在离婚后，女方将公司股权进行了转让，且转让行为合法有效，那么股权的受让方将取得股权的所有权。此时，原股权的归属问题将转变为股权转让合同的履行和效力问题。如果转让过程中存在违法违规行为，如未经其他股东同意擅自转让、恶意串通损害他人利益等，可能会影响股权转让的效力。
   • 公司增资扩股或减资：公司在进行增资扩股或减资等重大事项时，可能会影响股权的结构和价值。如果这些行为发生在离婚后，且女方作为股东参与了相关决策或受到了影响，那么需要根据具体情况分析对女方股权的影响。例如，在公司增资扩股时，如果女方未按照约定行使优先认购权，可能会导致其股权比例被稀释。

4. 涉及第三方权益

   • 债权人权益：如果公司在婚姻存续期间或离婚后存在债务问题，债权人有权要求公司股东在未出资范围内承担责任。即使婚内协议约定股权归女方所有，但如果女方作为股东未履行出资义务，债权人仍然可以要求女方承担相应的责任。
   • 其他股东权益：如果公司有其他股东，女方的股权处理可能会受到其他股东权益的影响。例如，在公司章程中可能对股权转让、股东资格等有特殊规定，女方在处理股权时需要遵守这些规定，否则可能会引发与其他股东的纠纷。