串通投标罪中违法所得的扣押与判决处理需结合具体情节，一般流程及量刑原则如下：

1. 违法所得的认定与扣押程序
   根据《刑法》第六十四条，违法所得是指通过串通投标行为直接或间接获取的经济利益，包括但不限于：

   • 中标后获得的工程利润、服务费用；
     
   • 收取的“陪标费”“好处费”等非法收入；
     
   • 通过围标、陪标节省的成本（如标书制作费、差旅费等）。
     公安机关在侦查阶段可依法扣押、冻结涉案财物，法院在审理阶段会审查违法所得的来源及金额，最终判决予以追缴或没收。

2. 串通投标罪的定罪量刑标准
   根据《刑法》第二百二十三条，串通投标罪的刑罚分为两档：

   • 基础情节：处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
     
   • 加重情节：若串通投标行为损害招标人、其他投标人利益，情节严重（如中标金额巨大、造成重大损失或恶劣社会影响），处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
     关键点：违法所得金额是判断“情节严重”的重要依据之一，但需结合其他因素综合认定（如中标项目规模、是否导致项目流产等）。

3. 违法所得与刑罚的关联性

   • 追缴与退赔：法院会判决追缴违法所得，退赔给受损方（如招标人、其他投标人）；若无法退赔，可能折抵罚金。
     
   • 量刑影响：违法所得数额巨大（如超过50万元）可能直接触发加重情节，但需以“情节严重”为前提。例如，若违法所得虽高，但未造成实际损失或社会影响较小，可能仍按基础情节量刑。
     
   • 罚金幅度：罚金数额通常与违法所得金额挂钩，但法院会综合考虑犯罪情节、被告人经济能力等因素确定具体金额。

4. 实务中的常见情形

   • 单位犯罪：若串通投标行为以单位名义实施，违法所得归单位所有，对单位判处罚金，并追究直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任。
     
   • 数罪并罚：若串通投标过程中伴随行贿、伪造公司印章等行为，可能构成其他犯罪，需数罪并罚。
     
   • 认罪认罚从宽：被告人若自愿认罪认罚、积极退赃，可从轻或减轻处罚。

建议：若涉及具体案件，需结合中标金额、违法所得计算方式、损害后果等证据综合分析。如有进一步疑问，可直接向我提供案件细节，我将为您详细解答。