结论：员工签完字后公司走盖章流程时员工不同意，合同是否作废需分情况讨论，不能一概而论。
分析如下：
合同成立与生效的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议。当双方就合同的主要条款达成一致，并且一方已经签字或盖章，另一方也签字或盖章后，合同即告成立。
- 合同的生效则通常要求合同已经成立，并且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。在大多数情况下，合同成立即生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。
员工签字后公司盖章前员工不同意的情况：
- 若合同已满足成立要件：如果员工已经签字，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么从法律上讲，合同已经成立。此时，即使公司尚未盖章，员工单方面反悔通常不会导致合同自动作废。因为合同的成立并不依赖于公司的盖章行为，而是依赖于双方的意思表示一致。
- 若合同未满足成立要件或存在特殊情形：如果合同尚未满足成立要件（如双方尚未就所有主要条款达成一致），或者存在法律规定的特殊情形（如合同需要办理批准等手续才能生效），那么员工在公司盖章前不同意可能导致合同无法成立或生效。此外，如果双方在合同中明确约定了“合同需双方签字盖章后生效”等条款，且员工在公司盖章前明确表示不同意，那么合同也可能因未满足生效条件而无法生效。但这种情况下的“作废”并非自动发生，而是需要双方通过协商、诉讼或仲裁等方式解决。
实际操作中的建议：
- 对于员工：在签字前应仔细阅读合同条款，确保自己完全理解并同意合同内容。如果签字后反悔，应及时与公司沟通并尝试协商解决。如果无法协商解决，可能需要考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 对于公司：在员工签字后应尽快完成盖章流程，以确保合同的及时生效。如果员工在公司盖章前表示不同意，公司应与员工进行沟通并了解原因。如果员工坚持不同意且合同无法成立或生效，公司可能需要考虑与员工协商解除合同或寻求其他解决方案。
后续行动建议：
- 如果您或公司面临此类情况，建议首先尝试通过协商解决争议。
- 如果协商无果，您可以考虑咨询专业律师（即向我咨询），了解具体的法律程序和可能的法律后果，以便更好地维护自己的权益。
总结：员工签完字后公司走盖章流程时员工不同意，合同是否作废需根据具体情况判断。在大多数情况下，合同已经成立且可能生效，员工单方面反悔不会导致合同自动作废。但双方仍应通过协商或法律途径解决争议。如有需要，请随时向我咨询。