针对您提出的企业违法占用个人耕地的问题，这确实是一个严重的违法行为，其处罚方式需依据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国土地管理法实施条例》及《刑法》等相关法律法规来确定。以下是对此类违法行为的详细处罚解析：
一、行政处罚
责令退还非法占用的土地：
- 县级以上人民政府自然资源主管部门会要求违法企业将非法占用的耕地归还给原所有者或使用者，以恢复土地的原有归属和合法使用状态。
限期拆除与没收建筑物：
- 若企业在非法占用的耕地上新建了建筑物和其他设施，且这些建设不符合土地利用总体规划，自然资源主管部门将责令企业在规定期限内自行拆除，以恢复耕地原状。
- 若这些建筑物和设施符合土地利用总体规划，自然资源主管部门则有权没收这些新建的建筑物和设施。
罚款：
- 企业还可能面临非法占用土地每平方米100元以上1000元以下的罚款，具体数额根据违法情节的严重程度、占用土地的面积及造成的损害等因素确定。
二、行政处分（如涉及国家机关工作人员）
- 若违法占用耕地的行为涉及国家机关工作人员，他们除接受上述行政处罚外，还会依法给予行政处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
三、刑事处罚（如构成犯罪）
- 当企业的违法占用耕地行为触犯刑法，构成非法占用农用地罪时，将依法追究刑事责任。
- 量刑标准：根据《刑法》第三百四十二条规定，违反土地管理法规，非法占用耕地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 数量较大的具体界定为：非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上。
- 造成耕地大量毁坏的判定标准包括：企业非法占用耕地进行非农业建设，如建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物等，导致基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或严重污染。
四、民事赔偿责任
- 因企业非法占用耕地给他人造成损失的，行为人还应承担相应的民事赔偿责任。这包括赔偿因耕地被非法占用而导致的农作物损失、土地复垦费用以及其他直接经济损失等。
总结与建议
违法占用耕地不仅破坏土地资源，还影响社会稳定和可持续发展。因此，企业必须严格遵守相关法律法规，保护土地资源，维护公共利益。对于已经发生的违法行为，相关部门将依法采取严厉措施予以惩处。如果您或他人发现企业有违法占用耕地的行为，建议及时向当地自然资源主管部门举报，以便相关部门及时介入调查并依法处理。同时，企业也应加强内部管理，确保合法合规用地，避免不必要的法律风险。