企业违法占用耕地的处罚程序主要依据《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国土地管理法实施条例》及《刑法》等相关法律法规进行，具体程序及处罚措施如下：

一、行政处罚程序

1. 立案调查：

   • 县级以上人民政府自然资源主管部门在发现企业违法占用耕地行为后，会依法进行立案调查，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频、证人证言等，以确认违法事实。

2. 责令退还非法占用的土地：

   • 自然资源主管部门会向违法企业发出责令退还非法占用土地的通知，要求企业将非法占用的耕地归还给原所有者或使用者，恢复土地的原有归属和合法使用状态。

3. 限期拆除或没收建筑物：

   • 若企业在非法占用的耕地上新建了建筑物和其他设施，且这些建设不符合土地利用总体规划，自然资源主管部门将责令企业在规定期限内自行拆除，以恢复耕地原状。
   • 若这些建设符合土地利用总体规划，自然资源主管部门则有权没收这些新建的建筑物和其他设施。

4. 罚款：

   • 自然资源主管部门可以并处非法占用土地每平方米100元以上1000元以下的罚款，具体数额根据违法情节的严重程度、占用土地的面积及造成的损害等因素确定。
   • 罚款计算公式示例：若企业非法占用了1000平方米耕地，且违法情节较为严重，可能面临的罚款范围为10万元至100万元（即1000平方米×100元/平方米至1000平方米×1000元/平方米）。

5. 行政处分：

   • 若违法占用耕地的主体是企业中的国家机关工作人员，除接受上述行政处罚外，还会依法给予行政处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。

二、刑事处罚程序（若构成犯罪）

1. 刑事立案：

   • 当企业违法占用耕地的行为触犯刑法，构成非法占用农用地罪时，公安机关将依法进行刑事立案侦查。

2. 侦查与起诉：

   • 公安机关会收集相关证据，包括现场勘查记录、物证、书证、证人证言等，以确认犯罪事实。
   • 侦查终结后，公安机关会将案件移送人民检察院审查起诉。

3. 审判与量刑：

   • 人民法院将依法对案件进行审理，并根据《刑法》第三百四十二条的规定进行量刑。
   • 量刑标准：违反土地管理法规，非法占用耕地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上），造成耕地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

三、总结与建议

1. 严格遵守法律法规：

   • 企业应严格遵守《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，不得擅自占用或改变耕地用途，以免面临严厉的行政处罚和刑事处罚。

2. 加强内部管理：

   • 企业应加强内部管理，确保土地使用合法合规，避免因个别员工的违法行为而给企业带来不必要的法律风险。

3. 积极配合调查与处罚：

   • 若企业被发现有违法占用耕地的行为，应积极配合相关部门的调查与处罚工作，主动退还非法占用的土地、拆除或没收非法建筑物、缴纳罚款等，以减轻法律后果。

4. 寻求法律帮助：

   • 若企业在土地使用方面存在疑问或面临法律纠纷，应及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和支持。

企业违法占用耕地将面临严厉的行政处罚和可能的刑事处罚，因此必须严格遵守相关法律法规，保护土地资源，维护公共利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。