结论：在多笔债权协议一并转让的情况下，能否仅起诉其中一笔，需根据具体情况来判断，主要包括债权是否可分、转让协议的具体约定以及诉讼策略的选择等多个方面。以下是对这一问题的详细分析：
债权是否可分
债权可分的情况：
- 如果多笔债权在法律上或事实上是可分的，即每笔债权都有其独立的标的、履行期限和方式等，那么理论上你可以选择仅就其中一笔债权提起诉讼。例如，你与债务人签订了多份独立的借款合同，每份合同都明确了借款金额、还款期限等，且这些合同之间没有相互依赖或关联，那么你可以选择就其中一份合同提起诉讼。
债权不可分的情况：
- 如果多笔债权在法律上或事实上是不可分的，比如它们是基于同一法律关系或同一事实产生的，或者转让协议中明确约定了债权不可分割转让，那么你可能需要就所有债权一并提起诉讼。例如，你与债务人签订了一份总借款合同，并约定了分期还款的方式，这种情况下，每笔还款都构成总借款合同的一部分，不可单独分割。
转让协议的具体约定
- 转让协议明确约定：如果债权转让协议中明确约定了你可以选择就其中一笔或多笔债权提起诉讼，那么你可以根据协议约定来行使你的权利。
- 转让协议未明确约定：如果转让协议中没有明确约定，那么你需要根据债权的可分性以及诉讼策略的选择来决定是否仅起诉其中一笔债权。
诉讼策略的选择
单独起诉的利弊：
- 利：单独起诉可以简化诉讼程序，降低诉讼成本，并可能更快地获得判决结果。
- 弊：如果单独起诉的债权金额较小，可能无法充分覆盖你的诉讼成本和损失；此外，如果债务人有多笔债务，单独起诉可能无法全面解决债务问题。
一并起诉的利弊：
- 利：一并起诉可以确保所有债权都得到处理，避免债务人因部分债权被起诉而转移或隐匿财产；同时，一并起诉也可能提高诉讼效率，减少重复诉讼的可能性。
- 弊：一并起诉可能增加诉讼的复杂性和成本，特别是当债权金额较大或债务人数量较多时。
法律建议
- 审查债权转让协议：首先，你需要仔细审查债权转让协议的具体内容，特别是关于债权分割和诉讼权利的约定。
- 评估债权可分性：其次，你需要评估多笔债权的可分性，以确定是否可以单独就其中一笔债权提起诉讼。
- 考虑诉讼策略：最后，你需要根据具体情况和诉讼目的来选择合适的诉讼策略，包括是否单独起诉、一并起诉或采取其他法律手段。
总结：在多笔债权协议一并转让的情况下，能否仅起诉其中一笔债权取决于债权的可分性、转让协议的具体约定以及诉讼策略的选择。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。