核心结论：农村承包土地合同书更改后，应前往当地农村土地承包管理部门（一般是农业农村局或乡镇政府的相关部门）进行备案登记，以确保更改后的合同具有合法效力。以下是详细说明：

1. 更改合同的原因与合法性审查

   • 农村承包土地合同书的更改通常基于双方协商一致，比如因土地用途调整、承包期限延长、承包费用变更等合理原因。在更改合同前，必须确保更改内容不违反法律法规的强制性规定，比如不能改变土地的农业用途，不能损害国家、集体或第三人的利益。如果更改内容涉及违法违规，那么这样的更改是无效的，即使双方签字了也不受法律保护。
   • 例如，如果双方协商将原本用于种植粮食作物的土地改为建设用地，这就违反了《农村土地承包法》中关于土地用途的规定，这样的合同更改就是违法的，无法得到法律认可。

2. 更改合同的程序

   • 双方协商一致后，应当签订书面的合同变更协议。这个协议要明确记载变更的内容，比如变更的具体条款、变更的原因、变更后的权利义务等。变更协议应当由双方签字或盖章确认，以确保其真实性和有效性。
   • 签订变更协议后，不能仅仅认为合同就更改完成了。根据相关法律规定，农村土地承包合同的变更还需要进行备案登记。这是为了保障土地承包关系的稳定和透明，防止因合同变更引发纠纷。

3. 备案登记的部门与流程

   • 备案登记一般应前往当地农村土地承包管理部门。这个部门在不同地区可能有所不同，有的是农业农村局，有的是乡镇政府设立的专门负责农村土地承包管理的机构。你可以先向村委会咨询，了解当地具体的备案登记部门。
   • 前往备案登记时，需要携带相关的材料，包括原农村承包土地合同书、双方签订的合同变更协议、双方的身份证明（如身份证、户口本等）以及可能需要的其他证明材料（如土地权属证明等）。备案登记部门会对提交的材料进行审核，如果材料齐全、符合规定，就会予以备案登记，并出具相关的备案证明。

4. 未备案登记的后果

   • 如果农村承包土地合同书更改后未进行备案登记，虽然不影响合同变更协议在双方之间的效力，但在涉及第三方利益或发生纠纷时，可能会面临一些不利后果。比如，在土地流转、征收补偿等方面，可能会因为缺乏备案登记而无法得到充分的保障。
   • 例如，在土地被征收时，如果合同更改未备案登记，征收部门可能只认可原合同的内容，而不承认更改后的内容，这就可能导致你的合法权益受到损害。

建议：在更改农村承包土地合同书时，一定要严格按照法律规定的程序进行，确保更改内容的合法性和备案登记的及时性。如果在更改过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答和指导。