针对您提出的“公积金贷款16时转进去没扣，第二天扣款算逾期吗”这一问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确公积金贷款的扣款机制。通常，公积金管理中心会设定特定的扣款时间，如每日上午8点和下午14:00进行托收。若在某个扣款时间点，您的还款账户余额不足，则会导致扣款失败。但根据公积金管理中心的常规操作，若当日扣款失败，系统通常会自动参与下一批次的扣款，即每日均会执行扣款操作，直至扣款成功。

针对您的情况，16时转入的资金未能在当日扣款，但第二天系统进行了扣款。关键在于判断这一扣款是否超出了借款合同约定的还款期限。

1. 若第二天扣款仍在合同约定的还款期限内：

   • 则不算逾期。因为公积金管理中心有每日扣款的机制，且您的资金最终在合同约定的还款期限内被成功扣划。

2. 若第二天扣款超出了合同约定的还款期限：

   • 则可能被视为逾期。因为按照借款合同的约定，您需要在特定日期前足额偿还贷款本息。若超出这一日期，即使第二天扣款成功，也可能因逾期而产生罚息，并影响您的个人信用记录。

为了更准确地判断，我建议您：

• 查阅借款合同：仔细阅读合同中关于还款期限、扣款方式及逾期定义的条款，以明确您的还款责任和义务。
• 联系公积金管理中心：向公积金管理中心咨询您的具体还款情况，包括扣款时间、是否逾期等信息，以便您及时了解并处理可能存在的问题。

此外，为避免类似情况再次发生，我建议您：

• 确保还款账户余额充足：在还款日前，确保您的还款账户有足够的余额以供扣款。
• 关注扣款通知：及时关注公积金管理中心或银行发送的扣款通知，以便您了解扣款情况并及时处理异常。
• 设置自动还款或提醒：如条件允许，您可以设置自动还款功能或还款提醒，以确保按时足额还款。

综上所述，第二天扣款是否算逾期取决于借款合同的具体约定和公积金管理中心的扣款机制。为确保您的权益不受影响，我建议您及时查阅合同并联系公积金管理中心进行确认。