结论：保险公司一般不能直接从伤者赔偿中扣除司机已支出的费用，但需分情况讨论，具体如下：

1. 司机垫付费用与保险赔偿的关系
   若司机在事故后为伤者垫付了医疗费、护理费等费用，这些费用本质上是司机代保险公司先行履行了赔偿义务。根据《保险法》第六十五条，保险人（保险公司）应直接向第三者（伤者）赔偿保险金，但若被保险人（司机）已向第三者赔偿，保险人可向被保险人赔偿。因此，司机垫付的费用应由司机向保险公司申请理赔，而非从伤者赔偿中扣除。
   例外情形：若司机与伤者达成书面协议，明确约定从最终赔偿款中扣除垫付费用，且该协议不违反法律强制性规定，则可能被认可。但此类协议需伤者自愿签署，且保险公司通常不参与协议签订，后续可能引发争议。

2. 保险公司扣除费用的合法性边界
   保险公司无权单方面从伤者赔偿中扣除费用，除非存在以下法定情形：

   • 司机未购买足额保险：若保险限额不足以覆盖伤者全部损失，司机需自行承担超出部分。但此时扣除的是司机个人应赔部分，而非直接从伤者已获赔偿中扣减。
     
   • 司机存在免责事由：如司机无证驾驶、酒驾等，保险公司可能拒赔。但此时伤者仍可向司机主张赔偿，保险公司扣除行为与伤者无关。
     
   • 伤者重复获赔：若伤者通过其他途径（如工伤保险、意外险）已获得相同项目赔偿，保险公司可能主张扣减。但需以法律规定或合同约定为依据，且需伤者同意。

3. 实务建议

   • 对伤者：若保险公司提出扣除费用，要求其出具书面依据（如保险合同条款、法律条文），并核对是否符合上述法定情形。若无法提供，可拒绝扣除并主张全额赔偿。
     
   • 对司机：垫付费用后，及时收集医疗发票、护理协议等证据，向保险公司申请理赔。若保险公司拒赔，可通过诉讼主张权利。
     
   • 协商优先：若双方对扣除存在争议，可尝试通过交警调解、人民调解委员会等途径协商解决，降低维权成本。

总结：保险公司扣除司机已支出费用需严格依据法律或合同，伤者有权要求全额赔偿。若遇争议，建议根据具体情形收集证据，必要时通过法律途径维护权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。