结论：钱已经还清后，被告（即债务人）的处理方式主要取决于是否已妥善处理相关债务凭证及是否涉及诉讼程序。以下从不同情况为您详细分析：
一、债务已清偿且未涉及诉讼
保留还款凭证：
- 债务人应妥善保管所有还款凭证，如银行转账记录、收据、借条复印件（注明已还清）等，以备不时之需。这些凭证是证明债务已清偿的重要证据。
与债权人确认：
- 债务人可以与债权人进行书面或口头确认，明确债务已全部清偿，并保留相关沟通记录。这有助于避免未来可能出现的纠纷。
无需额外法律程序：
- 在此情况下，债务人无需进行额外的法律程序，因为债务已经合法清偿，双方的权利义务关系已经终止。
二、债务已清偿但涉及诉讼
向法院提交还款证据：
- 如果债务人在诉讼过程中或诉讼前已经清偿了债务，但诉讼程序仍在继续，债务人应及时向法院提交还款凭证，如银行转账记录、收据等，以证明债务已清偿。
申请撤诉或等待法院判决：
- 在提交还款证据后，债务人可以申请债权人撤诉。如果债权人同意撤诉，法院将裁定终结诉讼。如果债权人不同意撤诉，法院将根据双方提交的证据进行审理，并作出判决。由于债务人已清偿债务，法院通常会判决驳回债权人的诉讼请求。
执行阶段处理：
- 如果案件已进入执行阶段，债务人应向执行法院提交还款凭证，并申请执行终结。法院在核实还款情况后，将裁定终结执行程序。
三、特殊情况处理
债权人拒不承认还款：
- 如果债务人已清偿债务，但债权人拒不承认并继续追讨，债务人可以凭借还款凭证向法院提起诉讼，要求确认债务已清偿并停止债权人的追讨行为。
债务凭证遗失或损毁：
- 如果债务凭证遗失或损毁，债务人应尽快与债权人协商补办或出具书面证明，以证明债务已清偿。如果协商无果，债务人可以寻求法律援助或向法院提起诉讼，通过其他证据证明债务已清偿。
法律建议：
- 债务人在清偿债务后，务必妥善保管还款凭证，并与债权人进行确认，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果涉及诉讼程序，债务人应及时向法院提交还款证据，并积极配合法院的审理和执行工作。
- 在处理债务纠纷时，债务人应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果债务人未能妥善处理债务凭证或未及时向法院提交还款证据，可能导致诉讼程序延长或产生不必要的法律费用。
- 如果债权人拒不承认还款并继续追讨，债务人可能面临被强制执行的风险。但凭借还款凭证，债务人可以通过法律途径维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。