结论：协议离婚后起诉“小三”，能否查男方流水需分情况讨论，主要取决于起诉案由、证据关联性及法律程序要求。以下从不同角度展开分析：

1. 若以“夫妻共同财产被侵害”为由起诉“小三”

• 法律依据：根据《民法典》第1062条，夫妻共同财产在婚姻关系存续期间归双方共同所有。若男方在婚姻存续期间擅自将夫妻共同财产赠与“小三”（如转账、购房等），原配可主张赠与行为无效，要求“小三”返还财产。
• 能否查流水：
  
  • 可以申请法院调查：原配需提供初步证据（如男方与“小三”的转账记录、聊天记录等），证明存在财产转移可能。法院受理后，可依职权或依申请调取男方银行流水，核实资金流向。
    
  • 限制条件：若离婚协议已明确财产分割完毕，且未提及此类赠与，原配需证明离婚时不知情或存在欺诈、胁迫等情形，否则可能因“一事不再理”原则被驳回。

2. 若以“侵犯名誉权、隐私权”等人格权为由起诉“小三”

• 法律依据：若“小三”存在散布隐私、诽谤等行为，原配可依据《民法典》第1024条（名誉权）、第1032条（隐私权）起诉。
• 能否查流水：
  
  • 通常不涉及：此类案件焦点在于人格权侵害，与男方流水无直接关联，法院一般不会主动调取流水。
    
  • 例外情形：若原配能证明“小三”通过男方资金实施侵权行为（如雇佣水军诽谤），可申请调取流水作为辅助证据，但需提供明确线索。

3. 若以“重婚罪”刑事自诉起诉“小三”

• 法律依据：根据《刑法》第258条，有配偶者与他人以夫妻名义同居构成重婚罪。
• 能否查流水：
  
  • 刑事程序要求：重婚罪需证明“以夫妻名义同居”的客观事实（如共同生活、对外宣称夫妻关系等），流水本身非直接证据，但可能用于证明经济混同（如共同购房、生活开支）。
    
  • 调查权限：刑事自诉中，原配可申请法院调取证据，但需符合“与案件有关”的标准，流水需与其他证据（如邻居证言、同居照片）形成链条。

4. 实务建议

• 优先固定证据：收集男方与“小三”的转账记录、聊天记录、同居证据等，明确资金流向与侵权关联性。
  
• 明确诉讼策略：根据案由选择最直接的请求权基础（如财产返还优先于人格权侵权），避免因案由混淆导致证据不被采信。
  
• 及时咨询律师：不同地区法院对证据调取的尺度可能不同，建议委托律师协助申请调查令或提交书面申请，提高效率。

总结：能否查男方流水取决于起诉案由和证据关联性。若涉及夫妻共同财产返还，可能性较大；若为人格权侵权或重婚罪，则需结合其他证据综合判断。建议根据具体情形制定诉讼方案，必要时直接向我咨询细节。