关于经济补偿金应发工资是否包括加班费的问题，这确实是一个涉及法律条文解读与司法实践应用的复杂议题。以下，我将从法律依据、加班工资性质、司法实践处理及特殊情况说明四个方面，为您进行详细解答。
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》：该法第四十七条规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，但法律并未直接说明此“月工资”是否包含加班工资。
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》：第53条明确了“工资”的定义，它包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴，以及延长工作时间的工资报酬（即加班工资）等。从这一条文来看，加班工资作为工资的一部分，理应被纳入经济补偿金的计算基数。
二、加班工资性质
加班工资是劳动者因延长工作时间而获得的额外报酬，它属于劳动报酬的组成部分。因此，从加班工资的性质出发，它应当被包含在经济补偿金的计算基数中，以全面反映劳动者在劳动合同解除或终止前的实际收入水平。
三、司法实践处理
在司法实践中，法院对于经济补偿金是否包含加班工资的问题，通常倾向于将加班工资纳入计算基数。这是因为经济补偿金的本质是对劳动者因劳动合同解除或终止所遭受的经济损失进行补偿，而加班工资作为劳动者实际收入的一部分，应当被考虑在内。然而，如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了经济补偿金的计算基数不包括加班工资，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，那么法院可能会按照劳动合同的约定来处理。
四、特殊情况说明
尽管主流观点和司法裁判倾向认为经济补偿金应包含加班工资，但在某些特殊情况下，如劳动合同有特别约定、地方性法规有明确规定或法律法规另有规定时，可能会有所不同。例如，部分地区的地方性法规可能明确规定经济补偿金基数不包括加班工资，或者在某些特定情况下（如劳动者月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍时），可能间接涉及加班工资的考量但并非直接将其纳入计算基数。
总结与建议：
综上所述，经济补偿金的计算基数在一般情况下应包含加班工资。但考虑到劳动合同的约定、地方性法规的规定以及特殊情况的存在，实际处理时需根据具体情况进行灵活调整。对于劳动者和用人单位而言，明确劳动合同中关于经济补偿金计算基数的约定至关重要。建议在签订劳动合同时，双方应就经济补偿金的计算基数进行明确约定，以避免未来可能产生的纠纷。同时，劳动者在解除或终止劳动合同时，也应了解自己的权益，确保获得应有的经济补偿。