纪委对如实说明函询情况并积极退款的处理方式，通常根据具体情节和性质，结合党纪政务处分相关规定进行综合判断，具体如下：

1. 情节轻微且主动整改的处理
   若被函询人如实说明问题，且所涉款项性质为一般性违规（如违规领取的津贴、补贴等），且金额较小、未造成严重后果，同时主动退还全部款项，纪委可能依据《中国共产党纪律处分条例》第十九条“主动交代本人应当受到党纪处分的问题”或《政务处分法》第十二条“主动交代问题且情节轻微的”规定，采取批评教育、谈话提醒、责令检查、诫勉谈话等第一种形态处理措施，不予党纪政务处分。

2. 情节较重但主动整改的处理
   若所涉款项性质为违纪所得（如收受礼品礼金、违规兼职取酬等），或金额较大但未达到刑事立案标准，且被函询人如实说明并主动退还，纪委可能依据《中国共产党纪律处分条例》第四十条“主动上交违纪所得”或《政务处分法》第十一条“主动上交或者退赔违法所得”的规定，从轻或减轻处分，例如给予警告、严重警告等党纪处分，或警告、记过等政务处分。

3. 涉及违法犯罪的处理
   若所涉款项性质为违法所得（如贪污、受贿、挪用公款等），即使被函询人如实说明并退还，纪委仍需将问题线索移送司法机关依法处理。根据《中国共产党纪律处分条例》第三十一条“涉嫌犯罪的”或《政务处分法》第四十四条“被依法判处刑罚的”，给予开除党籍、开除公职处分，并移送司法机关追究刑事责任。但主动退还情节可能作为量刑时的从轻情节。

关键点说明：

• “如实说明”的认定：需完全、真实地交代问题，不得隐瞒或虚构事实，否则可能丧失从轻处理机会。
  
• “积极退款”的时效性：退款需在函询期间或组织调查前完成，若在组织已掌握证据后退款，可能不被认定为“主动”。
  
• “情节轻重”的判断：结合款项性质、金额、持续时间、主观恶性、社会影响等因素综合评估。
  

建议：若涉及此类问题，建议及时整理相关证据（如退款凭证、说明材料等），并配合组织调查，以争取从轻处理。如有具体情节需进一步分析，可直接向我咨询。