公司与客运驾驶员之间应当签订的协议主要是劳动合同，这是基于双方建立劳动关系的基础之上的。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动合同的必要性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。这明确了劳动合同在劳动关系中的法律地位。

2. 内容要求：劳动合同应当具备以下条款：用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；劳动合同期限；工作内容和工作地点；工作时间和休息休假；劳动报酬；社会保险；劳动保护、劳动条件和职业危害防护；以及法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。这些条款确保了劳动合同的全面性和具体性，有助于保护双方的合法权益。

3. 签订意义：签订劳动合同有助于明确双方的权利和义务，规范双方的行为，减少劳动争议的发生。对于公司而言，劳动合同是管理驾驶员的重要依据；对于驾驶员而言，劳动合同则是保障其合法权益的重要凭证。

二、特殊条款的考虑

除了上述基本条款外，公司与客运驾驶员在签订劳动合同时，还可以根据实际情况考虑增加一些特殊条款，如：

1. 安全责任条款：明确驾驶员在行车过程中的安全责任，包括遵守交通规则、确保乘客安全等。这有助于增强驾驶员的安全意识，减少交通事故的发生。

2. 服务质量条款：规定驾驶员的服务标准，如礼貌待客、保持车辆整洁等。这有助于提升公司的服务质量，增强乘客的满意度。

3. 保密条款：如果驾驶员在工作中可能接触到公司的商业秘密或敏感信息，可以在劳动合同中增加保密条款，要求驾驶员保守公司的商业秘密。

三、其他协议的补充

虽然劳动合同是公司与客运驾驶员之间签订的主要协议，但在某些情况下，双方还可以考虑签订其他补充协议，如：

1. 培训协议：如果公司需要对驾驶员进行专业培训，可以签订培训协议，明确培训的内容、期限、费用以及培训后的服务期等事项。

2. 竞业限制协议：对于高级管理人员或关键岗位的驾驶员，公司可以考虑签订竞业限制协议，限制其在离职后一定期限内从事与公司竞争的业务。但需要注意的是，竞业限制协议应当符合法律法规的规定，且公司需要支付相应的经济补偿。

四、法律建议

1. 确保合同合法合规：在签订劳动合同时，公司应当确保合同内容符合法律法规的规定，避免出现违法条款或侵犯驾驶员合法权益的情况。

2. 明确双方权利义务：合同应当明确双方的权利和义务，避免出现模糊不清或产生歧义的情况。这有助于减少劳动争议的发生，维护双方的合法权益。

3. 及时签订和更新合同：公司应当及时与驾驶员签订劳动合同，并在合同到期前及时进行更新或续签。这有助于确保合同的连续性和有效性，避免出现法律风险。

公司与客运驾驶员之间应当签订劳动合同，并根据实际情况考虑增加特殊条款或签订其他补充协议。在签订合同时，公司应当确保合同合法合规、明确双方权利义务，并及时签订和更新合同。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。