针对您提出的“车牌被套后高速公路发生的过路费怎么处理”的问题，这是一个涉及法律与交通管理规定的复杂情况，我会尽量为您详细解答。

首先，车牌被套是一个严重的问题，它不仅可能导致您承担不应有的交通违法责任，还可能涉及经济损失，包括高速公路的过路费。当您怀疑或确认自己的车牌被套后，应立即采取以下措施：

1. 保留证据：

   • 收集所有能证明您车辆不在违章现场的证据，如停车票据、监控录像、行车记录仪视频等。
   • 这些证据将有助于您后续向交通管理部门证明您的清白。

2. 向交通管理部门报案：

   • 携带车辆相关手续（如行驶证、车辆注册登记证等）和收集到的证据，前往被拍照所在地的交通队进行信息核实。
   • 交通队会根据您提供的手续和证据，结合违法信息来核实是否确实被套牌。

3. 领取车牌被套证明：

   • 如果交通队确认您的车牌被套，他们会出具一份车辆牌照被套用的情况说明。
   • 这份证明是后续处理违章和过路费问题的重要依据。

4. 处理高速公路过路费：

   • 对于被套牌期间产生的过路费：
     • 您应尽快与高速公路管理部门联系，提供车牌被套证明和相关证据。
     • 高速公路管理部门会根据实际情况进行调查，并可能要求您填写相关申请表格以申请费用减免或退还。
     • 如果套牌车与原车在外观上有明显差异，或者您能提供确凿的证据证明某段过路费非您车辆产生，那么这部分费用通常会被减免或退还。
   • 对于已缴纳的过路费：
     • 如果您已经缴纳了被套牌期间产生的过路费，且后续证明这部分费用确实非您车辆产生，您可以向高速公路管理部门申请退还。
     • 申请退还时，您需要提供车牌被套证明、缴费凭证以及相关证据。

5. 变更车牌号码：

   • 为了彻底解决问题，避免未来再次发生类似情况，您可以考虑前往车管所进行车牌号码变更。
   • 变更车牌号码后，原号码将被注销，套牌车的违法行为将不再记录在您头上。

6. 法律追责：

   • 如果您发现套牌行为，应及时向公安机关报案，并保留相关证据。
   • 套牌行为是违法的，一旦查实，套牌者将面临法律的严厉惩罚。

额外建议：

• 定期查看违章记录，遇到可疑违章信息及时核实。
• 车牌遗失或被盗时，及时前往公安机关报案。
• 考虑在车辆外观上做些特殊记号，以便区别于其他车辆。
• 文明驾驶，避免违章情况的出现，这样更容易分辨哪些违章肯定不是自己驾车造成的。

最后，我想强调的是，车牌被套是一个复杂且棘手的问题，需要您耐心、细心地处理。在处理过程中，保持与交通管理部门和高速公路管理部门的良好沟通是非常重要的。希望这些建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。