公司总经理违法经营，其处罚方式需根据具体违法情形及法律规定来确定，以下是详细分析：
行政处罚：
- 如果总经理的违法经营行为违反了工商管理、税务、环保等相关行政法规，那么可能会面临行政处罚。行政处罚的种类包括警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照等。具体处罚措施将依据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素来决定。
刑事处罚：
- 如果总经理的违法经营行为触犯了刑法，如构成非法经营罪、生产销售伪劣产品罪、走私罪等，那么可能会面临刑事处罚。刑事处罚的种类包括有期徒刑、拘役、罚金、没收财产等。在刑事处罚中，法院会根据犯罪的情节、性质、社会危害程度以及被告人的认罪态度等因素来量刑。
民事赔偿：
- 如果总经理的违法经营行为给公司、股东、债权人或其他第三方造成了损失，那么还可能面临民事赔偿的责任。在民事赔偿中，法院会根据损失的大小、违法行为的过错程度等因素来确定赔偿金额。
额外提醒：
- 对于公司总经理的违法经营行为，公司本身也可能因管理不善或监督不力而承担一定的责任。因此，公司应加强内部管理，完善监督机制，防止类似事件的发生。
- 如果您发现公司总经理存在违法经营的行为，建议及时向相关部门举报，并保留好相关证据，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。
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