股东挪用公司资金超过两年，可能涉及刑事犯罪与民事责任，需根据具体情况采取法律措施，具体处理方式如下：

1. 刑事追责：挪用资金罪的认定与追诉时效
   根据《刑法》第272条，若股东作为公司工作人员，利用职务便利挪用资金归个人使用或借贷给他人，数额较大且超过3个月未还，或进行营利/非法活动，即构成挪用资金罪。

   • 追诉时效：法定最高刑为3年有期徒刑（数额较大情形），追诉时效为5年；若数额巨大或情节严重（最高刑7-10年），追诉时效为10-15年。挪用资金超过两年仍在追诉期内，公司可向公安机关报案，追究股东刑事责任。
     
   • 关键证据：需提供资金流向证明（如银行转账记录）、股东职务证明、挪用行为与公司损失的因果关系证据等。

2. 民事追偿：公司财产权保护与股东责任
   即使超过两年，公司仍可通过民事诉讼要求股东返还资金并赔偿损失：

   • 诉讼时效：根据《民法典》第188条，民事权利诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起算。若公司持续催讨或股东承诺还款，可能构成时效中断，需结合具体证据判断是否过期。
     
   • 责任范围：股东需返还挪用本金及利息（通常按LPR计算），若造成公司其他损失（如投资机会丧失），需额外赔偿。
     
   • 执行保障：若股东未履行判决，可申请强制执行其财产（如房产、股权等），或要求其分红、薪酬直接抵扣债务。

3. 特殊情形：股东身份与责任扩大

   • 若股东为公司控股股东或实际控制人：可能涉及滥用股东权利损害公司利益（《公司法》第21条），需承担连带赔偿责任，且不受诉讼时效限制（若公司未及时主张权利，其他股东可提起股东代表诉讼）。
     
   • 若挪用资金用于个人消费且未归还：可能被认定为“恶意占有”，公司可主张资金占用费（高于普通利息）。
     
   • 若公司已破产或资不抵债：股东挪用行为可能构成破产欺诈，管理人可追回资金并按债权比例分配。

行动建议：

1. 立即收集资金流水、股东决议、催款记录等证据；
   
2. 咨询律师评估刑事报案可行性（如是否达到立案标准）；
   
3. 同步发起民事诉讼，申请财产保全防止资金转移；
   
4. 若涉及关联交易或虚假合同，可追加审计程序固定证据。
   

提示：法律程序具有时效性，建议尽快启动维权流程。如有进一步细节（如挪用金额、资金用途、公司性质等），可向我补充说明，我会为您定制具体方案。