结论前置：公司员工迟到扣钱在特定条件下是合法的，但必须满足规章制度明确、合法制定、扣除金额合理且不违反最低工资标准等条件。若用人单位的扣钱行为不符合这些条件，则属于违法行为。
合法扣钱的条件
规章制度明确且合法制定：
- 用人单位必须依法建立和完善劳动规章制度，并在其中明确规定迟到的扣钱标准。规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣钱也是合法的。
扣除金额合理：
- 扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，如果员工当月工资为5000元，那么最多只能扣除1000元作为迟到罚款，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，虽然该法条未直接规定扣除比例，但根据劳动法的原则和精神，扣除比例应合理，且不得违反最低工资标准的规定。
特殊情况处理：
- 在特殊情况下，如员工因不可抗力（如自然灾害、交通意外等）或公司安排的事务而迟到，用人单位应合理考虑并不予扣钱。
不合法扣钱的情形
无规章制度依据：
- 如果用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣钱的规定，则随意扣钱是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 如果规章制度的制定未经民主程序，或未向劳动者公示，则依据这样的规章制度扣钱也是不合法的。
扣除金额过高或违反最低工资标准：
- 如果扣除的工资超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则这种扣钱行为也是不合法的。
维权途径
- 如果员工认为用人单位的扣钱行为不合法，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣钱依据。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条规定了用人单位在支付劳动报酬方面的义务和法律责任，员工可以据此进行维权。
综上所述，公司员工迟到扣钱是否合法取决于用人单位的规章制度是否明确、合法制定以及扣除金额是否合理等因素。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。