证据目录文件的页码原则上可以用手写，但不建议这样做，在正式的司法程序中最好使用打印页码。具体分析如下：

1. 法律未明确禁止手写页码：目前，我国《民事诉讼法》及相关司法解释并未明确规定证据目录的页码必须为打印形式。因此，从法律条文的角度来看，手写页码并不直接违反法律规定。

2. 手写页码可能带来的问题：

   • 规范性不足：手写页码可能因书写不规范、字迹模糊或难以辨认等问题，影响证据目录的整体规范性和可读性。
   • 易篡改性：与打印页码相比，手写页码更容易被篡改或伪造，这可能引发对方当事人的质疑，甚至影响证据的证明力。
   • 司法实践中的接受度：在司法实践中，法院或仲裁机构可能更倾向于接受打印页码的证据目录，因为打印页码更规范、更易于管理和保存。

3. 建议使用打印页码：为了避免上述问题，提高证据目录的规范性和可接受性，建议在制作证据目录时使用打印页码。同时，应确保页码清晰、连续，并与证据目录的内容一一对应。

4. 特殊情况下的处理：如果因特殊原因确实需要手写页码，应确保手写字迹清晰、工整，并尽可能避免涂改或模糊。此外，可以在手写页码旁加盖公章或签名确认，以增加其可信度和证明力。