人民调解书涉及违章建筑漏水的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 调解书效力与违章建筑合法性冲突
   人民调解书具有民事合同性质，但若涉及违章建筑（如未取得规划许可、擅自改建等），其内容可能因违反《城乡规划法》《民法典》第153条（违反法律强制性规定的民事法律行为无效）而面临效力争议。

   • 处理原则：调解书中关于违章建筑维修、赔偿等条款，若直接确认违章建筑的合法性（如要求修复违章部分），可能被法院认定为无效；但若仅针对漏水造成的损失进行赔偿分配，且不涉及违章建筑权属确认，则可能有效。
     
   • 建议：在调解书中明确区分“漏水损失赔偿”与“违章建筑处理”，避免将两者混同。例如，可约定“由责任方赔偿漏水导致的财物损失，但违章建筑拆除问题另行通过行政程序解决”。

2. 漏水责任认定与违章建筑的关系
   漏水原因可能涉及施工质量、日常维护或相邻关系，需结合违章建筑的具体情形分析责任：

   • 若漏水由违章建筑本身导致（如私自加盖导致排水不畅）：责任方通常为违章建筑的所有者或使用者，需承担修复或赔偿责任。
     
   • 若漏水与违章建筑无关（如正常房屋因年久失修漏水）：责任认定不受违章建筑影响，按一般相邻关系或合同关系处理。
     
   • 建议：在调解前委托专业机构鉴定漏水原因，并在调解书中明确责任主体及赔偿范围，避免后续争议。

3. 行政程序与调解书的衔接
   违章建筑的处理属于行政机关职权范围（如城管部门责令拆除），人民调解书无法直接改变行政决定。但调解书可与行政程序互补：

   • 调解书内容不违反行政决定：若行政机关未要求拆除违章建筑，调解书可就漏水问题达成赔偿协议。
     
   • 调解书内容与行政决定冲突：如调解书约定“保留违章建筑并修复”，但行政机关已作出拆除决定，则调解书相关条款可能无法履行，需通过行政复议或诉讼解决冲突。
     
   • 建议：在调解前咨询当地城管部门，了解违章建筑的处置政策，确保调解书内容不与行政决定直接对抗。

总结：处理此类纠纷需兼顾民事赔偿与行政合规，建议在调解书中：

1. 明确漏水责任及赔偿范围；
   
2. 区分民事赔偿与违章建筑处理，避免条款无效；
   
3. 提前了解行政机关对违章建筑的态度，确保调解方案可执行。
   若涉及复杂情况（如多方责任、高额赔偿），可进一步向我咨询具体方案。