结论：在挪用资金罪中，若行为人挪用了两个公司的资金，一般由主要犯罪地或者犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖，具体哪个公司所在地的公安机关管辖需视情况而定。
分析说明：
主要犯罪地原则：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，刑事案件的管辖通常遵循“犯罪地管辖为主，居住地管辖为辅”的原则。
- 在挪用资金罪中，如果行为人主要在一个公司实施了挪用行为，且该行为构成了犯罪的主要部分，那么该公司的所在地通常被视为主要犯罪地，由该地的公安机关负责管辖。
犯罪嫌疑人居住地原则：
- 如果行为人的居住地与犯罪地不一致，且犯罪行为在居住地也有一定的影响或关联，那么居住地的公安机关也可能具有管辖权。
- 在挪用两个公司资金的情况下，如果行为人的居住地与其中一个公司所在地更为接近，或者居住地公安机关在调查取证等方面更为便利，那么居住地公安机关也可能负责管辖。
多个犯罪地的情况：
- 当行为人挪用资金的行为涉及多个地点，且这些地点都构成犯罪地时，如本题中的两个公司所在地，通常由最初受理的公安机关管辖。
- 如果两个公司所在地的公安机关在管辖上发生争议，可以由共同的上级公安机关指定管辖。
特殊场景：
- 在实际操作中，如果两个公司所在地的公安机关都认为自己具有管辖权，或者都认为对方更适宜管辖，那么它们可能会通过协商或者报请共同的上级公安机关来决定管辖权。
- 另外，如果行为人的挪用行为在两个公司所在地都构成了犯罪，且两个犯罪行为之间存在紧密的关联（如同一笔资金的多次挪用），那么两个公司所在地的公安机关可能会联合侦查，共同处理此案。
行动建议：
- 对于此类涉及多个犯罪地的刑事案件，建议行为人或相关利益方及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和管辖规定。
- 如果面临公安机关的调查或询问，应积极配合，并如实陈述事实，避免因为隐瞒或谎报而加重法律责任。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。