核心结论：肇事者支付住院费后，工伤赔偿仍可依法主张，但需注意医疗费用部分可能存在重复赔偿的限制，其他工伤待遇项目（如伤残补助、停工留薪期工资等）不受影响。具体赔偿路径需结合事故性质（是否属于第三方侵权）及工伤保险参保情况分情况处理。以下为详细分析：

一、法律关系认定：工伤赔偿与侵权赔偿可并行主张

根据《社会保险法》第42条及《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第8条，因第三人侵权造成工伤的，劳动者可同时主张工伤保险待遇和民事侵权赔偿，但医疗费用部分不得重复获赔（即“填平原则”）。其他项目（如伤残津贴、护理费、误工费等）可分别主张。

关键点：

1. 肇事者支付的住院费属于医疗费用范畴，若工伤保险基金已支付该费用，劳动者需将肇事者赔偿的医疗费返还给工伤保险基金；
   
2. 若肇事者未全额支付医疗费，工伤保险基金可补足差额，但劳动者不得通过双重渠道获益。

二、具体赔偿路径分情况处理

情况1：用人单位已缴纳工伤保险

1. 工伤保险基金支付项目：

   • 医疗费（需扣除肇事者已支付部分）；
     
   • 一次性伤残补助金、伤残津贴（若构成伤残）；
     
   • 住院伙食补助费、交通食宿费；
     
   • 辅助器具费、康复费等。
     

2. 用人单位支付项目：

   • 停工留薪期工资（按原工资福利支付）；
     
   • 护理费（若工伤导致生活不能自理）；
     
   • 5-6级伤残的伤残津贴（若工伤保险基金未足额支付）。
     

3. 肇事者侵权赔偿主张：

   • 除医疗费外，可要求肇事者赔偿误工费（与停工留薪期工资竞合时，按“就高不就低”原则处理）、残疾赔偿金（与一次性伤残补助金竞合时同理）、精神损害抚慰金等。
     

操作建议：

• 优先通过工伤保险理赔，简化流程；
  
• 同步向肇事者提起民事诉讼或协商赔偿，注意保留医疗费发票原件（工伤保险理赔时需提交复印件，原件用于侵权诉讼）。

情况2：用人单位未缴纳工伤保险

1. 全部赔偿责任由用人单位承担：

   • 根据《工伤保险条例》第62条，用人单位需支付全部工伤保险待遇，包括医疗费、伤残补助金、停工留薪期工资等。
     

2. 仍可向肇事者主张侵权赔偿：

   • 医疗费部分由用人单位与肇事者协商分担（实践中可能需通过诉讼确定责任比例）；
     
   • 其他项目（如残疾赔偿金、精神损害抚慰金）可全额向肇事者主张。
     

风险提示：

• 若用人单位无力赔偿，劳动者可能面临执行风险，需及时申请财产保全；
  
• 肇事者赔偿能力不足时，可考虑通过“先刑后民”程序（若涉及刑事犯罪）提高赔偿优先级。

三、实务操作要点

1. 证据固定：

   • 保留交通事故认定书、医疗记录、费用清单、工资证明等材料；
     
   • 若构成伤残，需在伤情稳定后申请劳动能力鉴定。
     

2. 程序衔接：

   • 工伤认定申请需在事故发生后1年内提出（用人单位未申请的，劳动者可自行申请）；
     
   • 侵权诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。
     

3. 赔偿协商技巧：

   • 与肇事者协商时，明确医疗费以外的赔偿项目（如误工费、护理费）与工伤待遇的差额部分；
     
   • 避免签署“一次性了结协议”导致后续权益受损。
     

总结：肇事者支付住院费不影响工伤赔偿的全面主张，但需通过合理规划赔偿路径避免医疗费重复获赔。具体操作需结合事故责任、参保情况等因素综合判断，建议根据个案细节进一步咨询。