在交通事故中机动车承担次责，保险公司只付两万可能是由以下原因导致的：

1. 保险合同条款限制：

   • 保险合同中可能明确规定了某些情况下的赔偿限额。例如，对于特定类型的损失（如医疗费、财产损失等），保险公司可能设定了单独的赔偿上限。如果事故造成的损失属于这些特定类型，并且超出了合同规定的限额，那么保险公司就只会按照限额进行赔付。
   • 保险合同中还可能包含免赔额条款。免赔额是指在保险公司开始赔付之前，被保险人需要自行承担的一部分损失。如果合同中规定了免赔额，并且事故造成的损失没有超过免赔额与赔偿限额之和（但超过了免赔额），那么保险公司就只会赔付超出免赔额但不超过赔偿限额的部分。不过，从您描述的情况来看，只付两万似乎不太可能是仅由免赔额导致的，因为免赔额通常不会设置得如此高。但这一点仍需结合具体合同条款来判断。

2. 事故责任比例与赔偿金额的计算：

   • 在交通事故中，赔偿金额的计算通常与事故责任比例密切相关。如果机动车在事故中承担次要责任，那么其赔偿比例也会相应较低。例如，如果主要责任方承担70%的赔偿责任，次要责任方则可能只承担30%的赔偿责任。在这种情况下，如果事故造成的总损失较高，但按照责任比例计算后，机动车方应承担的赔偿金额较低（如两万），那么保险公司就会按照这个金额进行赔付。
   • 还需要注意的是，赔偿金额的计算还可能受到其他因素的影响，如事故造成的具体损失类型、损失程度、相关法律法规的规定等。

3. 保险公司对事故的调查与评估：

   • 保险公司在处理赔偿请求时，通常会对事故进行详细的调查和评估。这包括对事故现场的勘查、对相关证据的收集和分析、对事故责任的认定等。如果保险公司在调查过程中发现某些情况（如被保险人存在故意或重大过失、事故不属于保险责任范围等），那么它可能会拒绝赔付或降低赔付金额。不过，从您描述的情况来看，保险公司已经同意赔付两万，这表明它至少在一定程度上认可了事故的赔偿请求。
   • 另外，保险公司还可能根据内部的赔付标准和流程来评估赔偿金额。这些标准和流程可能因公司而异，但通常都会遵循相关法律法规的规定和保险合同的约定。

4. 其他可能的原因：

   • 除了上述原因外，还有一些其他可能导致保险公司只付两万的因素。例如，被保险人可能没有购买足够的保险金额来覆盖事故造成的全部损失；或者被保险人在购买保险时选择了较低的赔偿限额以节省保费等。

建议：

• 仔细审查保险合同：首先，您应该仔细审查与保险公司签订的保险合同，特别是关于赔偿限额、免赔额、保险责任范围等条款的约定。这有助于您了解保险公司赔付金额的依据和限制。
• 与保险公司沟通：如果您对保险公司的赔付金额有疑问或不满，可以与保险公司进行沟通，要求其提供详细的赔付计算依据和说明。通过沟通，您可以更好地了解保险公司的赔付决策过程，并可能发现一些之前未注意到的细节或问题。
• 寻求法律帮助：如果您认为保险公司的赔付金额明显不合理或存在违法行为，可以寻求专业的法律帮助。我可以根据您的具体情况和相关法律法规的规定，为您提供更详细的法律建议和指导。