事业单位工作人员病假超过三个月时，其病假期限、工资待遇及岗位管理等方面均需遵循特定规定，具体如下：

一、病假期限规定

事业单位工作人员的病假期限并非固定不变，而是根据职工的实际工作年限和在本单位的工作年限综合确定。一般来说，实际工作年限十年以下的职工，在本单位工作年限五年以下的，病假最长为三个月；五年以上的，病假最长为六个月。对于实际工作年限十年以上的职工，病假期限则更长，具体根据在本单位的工作年限，病假最长可达二十四个月。因此，病假超过三个月是否合规，需结合职工的具体工作年限和在本单位的工作年限来判断。

二、工资待遇规定

病假期间的工资待遇是职工普遍关心的问题。根据相关规定，事业单位工作人员病假期间的工资待遇如下：

1. 短期病假（两个月以内）：基本工资（或工资）照发。

2. 长期病假（超过两个月）：

   • 病假超过两个月不足六个月的，从第三个月起，工作年限十年以下的，发放基本工资（或工资）的90%；工作年限十年以上的，基本工资（或工资）照发。
   • 病假超过六个月的，从第七个月起，工作年限十年以下的，发放基本工资（或工资）的70%；工作年限十年以上二十年以下的，发放基本工资（或工资）的80%；工作年限二十年以上的，发放基本工资（或工资）的90%。

举例说明：若某职工实际工作年限为八年，在本单位工作年限为六年，其病假超过三个月但不足六个月时，从第三个月起，其工资应发放为基本工资的90%；若病假超过六个月，则从第七个月起，工资发放为基本工资的70%。

三、岗位管理规定

病假期间，职工的岗位管理也是单位需要关注的重要方面。一般来说，病假期间职工不参加年度考核，不能参与当年的评优评先。病假结束后，如能正常履行岗位职责，可参加补考核，考核结果影响后续的岗位晋升、职称评定等。若长期病假导致无法正常履行现有岗位职责，单位可根据实际情况进行岗位调整，安排到相对轻松、出勤要求较低的岗位。

四、特殊情况处理

对于患重大疾病或绝症的职工，如癌症、精神病、瘫痪等，在规定的医疗期内（最长24个月）尚不能痊愈的，经指定医院证明和单位（及劳动主管部门）批准，可以适当延长医疗期。病假期间工资待遇可能会根据单位具体政策和相关规定给予特殊照顾，一般会维持较高比例的工资发放，有的甚至全额发放。

五、病假申请与审批流程

职工因病需要请假时，应向单位提出申请，并按照单位要求填写相关的请假申请表，同时附上医院出具的诊断证明、病历等相关材料。单位在审核后，符合条件的由行政领导批准，从审批之月起至医疗期满结束予以安排休息。

六、注意事项

• 病假期间工资若低于当地最低工资标准的80%，按该标准的80%发放。
• 病假期间从事有收入活动的，停发病假期间工资。
• 新录用人员在见习（试用）期间休病假的，见习期间工资照发，但休病假时间超过两个月的，见习期时间相应顺延。
• 一年内病假累计超过三个月的，不再享受当年职工休假待遇。

总结与建议：事业单位工作人员病假超过三个月时，应严格按照相关规定执行，确保各方权益得到妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。