关于“下班没打到卡扣工资是否合法以及该怎么办”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要议题。下面，我将结合相关法律法规和实际情况，为您详细解答。
一、下班没打到卡扣工资是否合法
这主要取决于公司是否有合法有效的规章制度作为依据，以及扣钱行为是否符合相关法律法规的规定。
公司规章制度明确且合理：
- 如果公司有明确的考勤制度，规定员工上下班必须打卡，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）和公示告知员工（如在公司内部公告栏公示、组织员工培训等），那么员工未打卡可能被视为违反公司规定。
- 在此情况下，公司根据规章制度扣除相应工资或进行其他处罚，通常是合法的。但扣款金额应合理，不能过度惩罚员工，且公司应提供补卡等补救措施。
公司规章制度不明确或不合理：
- 如果公司没有明确的打卡制度，或者相关规定未经民主程序制定和公示，那么公司无权仅凭员工未打卡就扣除工资。
- 此时，公司的行为可能构成克扣工资的违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自身权益。
二、员工该怎么办
了解公司规章制度：
- 首先，您需要了解公司的考勤制度，特别是关于打卡和扣款的规定。如果公司制度不明确或您认为不合理，可以向人力资源部门或相关负责人咨询并寻求解释。
与公司协商：
- 如果您因特殊原因（如设备故障、网络问题、突发疾病等）未能打卡，应及时向公司说明情况并提供相关证明。
- 您可以与公司协商，看是否可以补卡或免除扣款。大多数公司都会考虑员工的实际情况，并给予一定的宽容度。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司无正当理由扣除您的工资，或者扣款金额过高、不合理，您可以向当地人社局的劳动监察大队举报投诉。
- 劳动监察部门会依法对公司的行为进行调查和处理，保护您的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 如果与公司的协商无果，或者您对劳动监察部门的处理结果不满意，您可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 劳动仲裁委员会会依法审理您的案件，并作出公正的裁决。
三、特殊情况下的处理
- 如果因不可抗力因素（如自然灾害、突发疾病等）导致无法按时打卡，您应及时向公司说明情况并提供相关证明。公司应根据实际情况灵活处理，避免机械执行打卡制度损害员工利益。
总结：下班没打到卡扣工资是否合法，取决于公司是否有合法有效的规章制度作为依据以及扣款行为是否合理。作为员工，您应了解公司制度、与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。同时，也希望公司能够制定合理、合法的规章制度，并充分考虑员工的实际情况和利益。