认定违规经商办企业的部门主要涉及多个层面，包括党内监督机构、行政监察机关以及相关的行业主管部门。以下是对这一问题的详细解答：
党内监督机构：
- 对于党员干部违规经商办企业的行为，党内监督机构如纪委（纪检监察组）具有直接的认定和查处权。它们依据《中国共产党纪律处分条例》等相关党内法规，对党员干部的违规行为进行调查核实，并作出相应的党纪处分。
行政监察机关：
- 对于公职人员（包括非党员的公职人员）违规经商办企业的行为，行政监察机关如监察委员会具有认定和查处权。它们依据《中华人民共和国公职人员政务处分法》等相关法律法规，对公职人员的违规行为进行调查处理，并给予相应的政务处分。
行业主管部门：
- 在某些特定行业或领域，行业主管部门也可能对违规经商办企业的行为进行认定和查处。例如，对于国有企业领导人员的违规经商行为，国有资产监督管理机构可能依据《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》等相关规定进行调查处理。
认定违规经商办企业的具体流程通常包括以下几个步骤：
- 线索收集：相关部门通过举报、审计、检查等方式收集违规经商办企业的线索。
- 初步核实：对收集到的线索进行初步核实，确定是否存在违规行为的可能性。
- 立案调查：对初步核实存在违规行为的，进行立案调查，收集证据，查明事实。
- 认定处理：根据调查结果，依据相关法律法规和规章制度，对违规行为进行认定，并给予相应的党纪、政务或行业处分。
法律后果方面：
- 违规经商办企业不仅违反了法律法规和政策规定，还可能构成贪污贿赂罪、非法经营罪等刑事犯罪，面临刑事追责。
- 即使不构成刑事犯罪，违规行为也可能导致行政或纪律处分，如警告、记过、降级、撤职直至开除等，严重影响个人职业生涯和声誉。
建议方面：
- 对于公职人员及特定行业人员，应严格遵守相关法律法规和规章制度，避免违规参与商业活动。
- 如有经商办企业的疑问或需求，应咨询专业律师或相关部门，确保行为合法合规。
- 对于已经存在的违规经商办企业行为，应主动向相关部门报告并接受处理，以减轻法律后果。
综上所述，认定违规经商办企业的部门涉及党内监督机构、行政监察机关以及相关的行业主管部门。这些部门依据相关法律法规和规章制度，对违规行为进行调查处理，并给予相应的处分。因此，公职人员及特定行业人员应时刻保持警惕，遵守法律法规，远离违规行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。