在婚内抚养费纠纷案件中，若法院审查发现被告存在遗弃孩子的行为，法院会依法将遗弃行为与抚养费纠纷合并处理，具体处理方式如下：

1. 优先保障子女权益
   根据《民法典》第1067条及第1085条，父母对子女的抚养义务不因婚姻关系存续而免除。即使夫妻未离婚，若一方拒不履行抚养义务（包括遗弃行为），法院可直接判决其支付抚养费，金额根据子女实际需求、父母负担能力及当地生活水平确定。例如，若被告长期离家且未提供经济支持，法院可能要求其补付此前拖欠的抚养费，并按月支付未来费用。

2. 认定遗弃行为并追究责任
   若遗弃行为情节严重（如长期不闻不问、拒绝抚养导致子女生活困难），法院可能依据《刑法》第261条将案件移送公安机关，以遗弃罪追究被告刑事责任。刑事责任与民事抚养费判决可并行处理，即被告可能同时面临刑罚和强制支付抚养费的义务。

3. 调整抚养关系（如涉及抚养权争议）
   若原告同时提出变更抚养权请求，法院会综合考量遗弃行为对子女身心健康的影响。根据《民法典》第1084条，若被告存在遗弃等严重损害子女利益的行为，法院将优先支持原告直接抚养子女，并要求被告支付抚养费。

实务建议：

• 原告需收集被告遗弃的证据（如聊天记录、证人证言、子女生活困境证明等），以支持抚养费主张及可能的刑事控告。
  
• 若遗弃行为持续，可向法院申请先予执行，要求被告先行支付部分抚养费以保障子女基本生活。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。